blast algoritmi, fasta algoritmi

DOCX 17 pages 4.8 MB Free download

17 pages

FaylHub.uz

Download via Telegram

Size 4.8 MB

File type DOCX

Pages 17

Updated Dec 2025

Page preview (5 pages)

Scroll down 👇

1 / 17

3-mavzu. biologik ketma-ketliklarni taqqoslash. ncbi ma’lumotlar bazasi reja: 1. blast algoritmi 2. fasta algoritmi tayanch iboralar: blast algoritmi, fasta algoritmi, trnk bugungi kunda kompyuterlar biologik tadqiqot ishlarini ajralmas qismi hisoblanadi. kompyuterlar biologik xajmi o‘sib borayotgan va murakkab ma’lumotlarni boshqarish ishlarida qo‘o‘lanilmoqda. intenet xalqaro tarmoqlarining paydo bo‘lishi aloqa soxasida revolyutsiyani sodir etdi va “xalqaro o‘rgimchak to‘ri” internet tarmoqlarining rivojlanishiga butun jaxonda asos soldi. kompyuter bu hisoblash mashinasi bo‘lib, ikkilamchi hisoblash rejimida ma’lumotlarni qayta ishlaydi va saqlaydi. exmlar matematik operatsiyalar bilan birga, belgilar bilan ish olib borish xususiyatlariga ega. kompyuterlar ko‘p sonli tranzistorlar, tkondensatorlar va rezistorlardan tashkil topgan. bioinofrmatika paydo bo‘lishi albatta kompyuter jixozlarining konstruktsiyalash va dasturiy ta’minotsiz amalga oshmas edi. ma’lumotlar saqlash uchun yuqori tezlikka ega bo‘lgan va xajmga ega bo‘lgan tashuvchilar zarur bo‘ladi. to‘plamlarni hosil qilish va ma’lumotlarni tahlil qilishda maxsus dasturlar kerak bo‘ladi. dasturiy ta’minot – turli xil dasturlar yig‘indisidan iborat bo‘lib, exm da ishlash imkonini beradi. fizikaviy jixozlarga: …

2 / 17

tida 255 bitlarning turli xil kombinatsiyalarini ya’ni bitta bitning 255 ta belgini kodlash imkonini beradi. dnk ketma-ketliklari kompyuterda 8 bitlik so‘zlar so‘zlar qatorida ikkilamchi formatda beriladi, oqsil ketma-ketliklari 8 bitlik so‘zlarda amnokislotalar harflari shaklida ikkilamchi formatda beriladi. dnk va oqsil ketma-ketligi to‘g‘risidagi ma’lumot matn standart formatining askoi yoki fasta dasturida kiritiladi. molekulyar biologiya soxasida yevropa laboratoriyalarining ma’lumotlar bazalarini birlashtirish maqsadida bioinformatika va hisoblash biologiyasi uslublarini qo‘llagan hoda 1988 yilda tarmoq tashkil qilinadi. bu tarmoq “embnet” (embnet-european molecular biology net) deb ataladi, ushbu tarmoq vazifalariga yevropaning turli davlatlarida joylashgan laboratoriya xodimlariga ma’sus veb tarmoqlar orqali maxalliy tilda ta’lim va informatsion soxasida xizmatlar ko‘rsatish hisoblanadi. xozirgi kunda yembnet 34 ta tarmoqga xizmat ko‘rsatadi. bulardan 20 tarmoq – maxsus ajratilgan milliy tarmoqlar hisoblanadi. bu milliy tarmoqlar bazalar ma’lumotlarini dasturiy ta’minot bilan va tarmoq xizmatlari ta’minlab turishi, ketma-ketliklar tahlili, oqsillarni modellash, genetik haritalarni tuzish, foydalanuvchilarni server xizmatlari bilan tanishitirish va qo‘llab quvvatlab turishlari va …

3 / 17

shning turli xil vositalari, genom tahlili, genlarni haritalash bo‘yicha zamonaviy xizmatlar ko‘rsatadi. abbreviatura davlatlar adres ibbm argentina http://sol.biol.unlp.edu.ar/ angis avstraliya http://www.angis.su.oz.au/ cbi xitoy http://www.cbi.pku.edu.cn/ cigb kuba http://bio.cigb.edu.cu/ cdfd indiya http://salarjung.embnet/ sanbi janubiy afrika http://www.sanbi.ac.za ketma-ketliklar tanlanmasini tizimini (ktt)-(srs-sequence retrieval system) moleklur biologiya uchun ma’lumotlar bazasi uchun tarmoq sharxlovchisi hisoblanadi. bu tarmoq yembnet foydalanuvchilari uchun qo‘shimcha xizmatlar ko‘rsatish maqsadida ishlab chiqilgan. blast algoritmi avval aytib o‘tganimizdek barcha bioinformatik dasturlar biologiya sohasidagi ma’lumotlar ko‘lami bilan ishlashni osonlashtirish uchun xizmat qiladi. bugun ana shunday dasturlardan birining qanday ishlashi haqida gaplashamiz. bioinformatik dasturlarning ayrimlari online rejimda, boshqa birlari esa offline rejimida ishlaydi. blast dasturi online rejimda ishlaydigan dasturlardan hisoblanadi. ya’ni bu dasturni ishlatish uchun siz avvalo internetga ulangan bo‘lishingiz kerak. blast o‘zi nima? blast (basic local alignment search tool – asosiylokal tekislanishni izlash vositasi) bu kompyuter dasturlaridan biri bo‘lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi. sodda qilib tushuntirilganda …

4 / 17

nishidan, morfologik belgilaridan juda osongina ajratsa bo‘ladi, ayrimlarini maxsus aniqlagich kitoblaridan foydalangan holda aniqlash mumkin. ba’zi suv havzalaridan baliq namunalarini yig‘ishda faqatgina juda mayda baliq chavoqlari yoki aniqlagich bilan ham qaysi tur ekanligini aniqlab bo‘lmaydigan turlar uchrab turadi. qaysidir noma’lum deb hisoblangan baliq namunasining to‘qimasidan mitoxondriya dnk ni ajratib olib (bu alohida mavzu), mitoxondriyadagi coi genini pzr mashinasida amplifikatsiya qilinadi. elektroforez jarayoni ushbu genni to‘g‘ri ajratib olinganligi tekshirilib olinadi. so‘ngra, natijalarni o‘sha noma’lum baliq namunasidan olingan coi genidagi nukleotidlar ketma-ketligini o‘qib olinadi. uning ko‘rinishi tahminan quyidagicha bo‘ladi (54-rasm). 54-rasm. noma’lum baliq namunasidan olingan coi genidagi nukleotidlar ketma-ketligi. bu tasvirda dnk ikkala zanjirining ma’lum bir fragmenti va undagi nukleotidlarning spektrlari tasvirlangan. nukleotidlar spektri va ularning rangidan ajratib olish mumkin. dnk ning ushu holatini ko‘rish uchun “contigexpress project” bioinformatsion dasturidan foydalaniladi. ushbu rasmda dnk ning 5’-3’ (1) va 3’-5’ (2) zanjirlarini ko‘rishingiz mumkin. coi geni o‘rtacha 700 ta nukleotiddan iborat bo‘ladi. 55-rasm. …

5 / 17

pyuter ekranida quyidagi oyna ochiladi. nukleotidlarimizni birinchi yuqoridagi qizil ko‘rsatgichda ko‘rsatilgan joyga ko‘chirib olib qo‘yamiz (ctrl+c va ctrl+v). shundan so‘ng ikkinchi ko‘rsatkich ko‘rsatayotgan joy belgilanganligini tekshiramiz. bu nuqta siz yuklagan nukleotidlarni qaysi ma’lumotlar ba’zasi bilan solishtirish kerakligini aniqlashtirish uchun kerak. u yerda ayni vaqtda human genomic + transcript – odam genomi va mouse genomic + transcript – sichqon genomi ma’lumotlar bazasi ko‘rsatilmoqda. biz others – boshqalar degan bo‘limini tanladik. oxirgi ko‘rsatkich highly similar sequences – “juda ham o‘xshash ketma-ketlik” degan tugma tanlanganligini ko‘rsatmoqda. bu bizga biz tekshirayotgan nukleotidlar ketma-ketligiga eng yaqin natijani ko‘rsatib berishi uchun kerak. 57-rasm. nucleotide blast tugmasining ishlash prinspi shulardan keyin pastda chap tomonda turgan blast tugmasini bir marotaba bosamiz. dastur bizga ncbi ma’lumotlar bazasidagi barcha nukleotidlar ketma-ketligi bilan bizning namunamizni solishtirib, biznikiga o‘xshash bo‘lgan natijalarni ko‘rsatib beradi. blast bosilganidan so‘ng quyidagi oyna ochiladi. 58-rasm. blast natijalari oynasi oynaning yuqori qismida blast amalga oshirilgan operatsiya haqida qisqacha …

Want to read more?

Download all 17 pages for free via Telegram.

Download full file

About "blast algoritmi, fasta algoritmi"

3-mavzu. biologik ketma-ketliklarni taqqoslash. ncbi ma’lumotlar bazasi reja: 1. blast algoritmi 2. fasta algoritmi tayanch iboralar: blast algoritmi, fasta algoritmi, trnk bugungi kunda kompyuterlar biologik tadqiqot ishlarini ajralmas qismi hisoblanadi. kompyuterlar biologik xajmi o‘sib borayotgan va murakkab ma’lumotlarni boshqarish ishlarida qo‘o‘lanilmoqda. intenet xalqaro tarmoqlarining paydo bo‘lishi aloqa soxasida revolyutsiyani sodir etdi va “xalqaro o‘rgimchak to‘ri” internet tarmoqlarining rivojlanishiga butun jaxonda asos soldi. kompyuter bu hisoblash mashinasi bo‘lib, ikkilamchi hisoblash rejimida ma’lumotlarni qayta ishlaydi va saqlaydi. exmlar matematik operatsiyalar bilan birga, belgilar bilan ish olib borish xususiyatlariga ega. kompyuterlar ko‘p sonli tranzistorlar, tkond...

This file contains 17 pages in DOCX format (4.8 MB). To download "blast algoritmi, fasta algoritmi", click the Telegram button on the left.

Tags: blast algoritmi, fasta algoritmi DOCX 17 pages Free download Telegram