ab initio modellashtirish

DOCX 6 pages 17.6 KB Free download

6 pages

FaylHub.uz

Download via Telegram

Size 17.6 KB

File type DOCX

Pages 6

Updated Dec 2025

Page preview (5 pages)

Scroll down 👇

1 / 6

gen va oqsil strukturalarini bashorat qilish xusanova rashida 📝annotatsiya oqsil va gen tuzilishini bashorat qilish, bioinformatika sohasida muhim ahamiyatga ega bo'lib, dnk ketma-ketligini tahlil qilish orqali oqsil tuzilishini va funksiyasini oldindan aytish imkonini beradi. bu jarayon murakkab hisoblanadi va turli algoritmlarni qo'llashni talab qiladi. 🔑kalit so'zlar. oqsil, gen, struktura, bashorat, sekvensiya, model, prognozlash, tuzilma, funktsiya, homologiya, ab initio modellashtirish ab initio modellashtirishda oqsil tuzilmasini bashorat qilish uchun turli xil algoritmlar, masalan, rosetta yoki i-tasser, 100 dan ortiq amino kislotalar ketma-ketligiga ega bo'lgan murakkab oqsillarni modellashtirishda 5-10 ångström aniqlikka erishishi mumkin. ab initio modellashtirish, eksperimental ma'lumotlarga tayanmasdan, faqat aminokislota ketma-ketligidan foydalangan holda, oqsil tuzilmasining 3d modelini yaratishga imkon beradi, bu esa natijaning ishonchliligini taxmin qilish uchun 10 dan ortiq differentsial hisob-kitoblar talab qiladi. ab initio usulida kichik oqsillar (taxminan 100 amino kislota qoldig'idan kam) uchun yuqori aniqlikdagi (2 ångström dan kam) 3d tuzilmalarini bashorat qilish nisbatan osonroq, ammo katta oqsillar uchun …

2 / 6

sequencing (ngs) texnologiyalari qo'llaniladi, bu millionlab o'qishlarni parallel ravishda o'qishga imkon beradi va genomning to'liq ketma-ketligini aniqlashga yordam beradi. xromosomalarni fiziki xaritalash texnikalari, masalan, fish (fluorescent in situ hybridization), genlarning xromosomalar bo'yicha joylashishini aniqlash va 1mb dan ortiq uzunlikdagi hududlarni tahlil qilishda qo'llaniladi. gen tuzilishini aniqlashda sanger ketma-ketligini aniqlash usuli 99% aniqlik bilan 500-1000 bp uzunlikdagi dnk fragmentlarini ketma-ket tahlil qilish imkonini beradi. bashoratlarning aniqligini baholash bashoratlarning aniqligini baholashda, masalan, roc egri chizig'i yordamida hisoblangan auc (area under the curve) qiymati 0.8 dan yuqori bo'lsa, yuqori aniqlikka ega ekanligini ko'rsatadi. gen strukturasini bashorat qilishda, to'g'ri bashorat qilingan genlar sonining umumiy genlar soniga nisbati (masalan, %90 dan yuqori) aniqlikni o'lchaydi va model samaradorligini aks ettiradi. protein strukturasini bashorat qilishdagi aniqlikni baholash uchun rmsd (root mean square deviation) kabi metriklardan foydalaniladi, bu erda 2 å dan kamroq qiymat yuqori aniqlikni bildiradi. mashina o'rganish usullari oqsil ketma-ketligini tahlil qilishda qo'llaniladigan support vector machines …

3 / 6

tirishda maqsadli oqsilning 30% dan ortiq ketma-ketlik o'xshashligiga ega bo'lgan shablon tuzilishiga ega bo'lgan oqsil tuzilmalari topiladi. yuqori aniqlikdagi gomologiya modellashtirish uchun maqsadli oqsil bilan kamida 40% ketma-ketlik identifikatsiyasiga ega bo'lgan shablon tuzilmasi kerak. gen tuzilishini bashorat qilish usullari oqsil-gen munosabatlarini bashorat qilishda 3 ta asosiy usul mavjud bo'lib, ulardan biri homologik ketma-ketliklarni taqqoslash yordamida tuzilmani aniqlash hisoblanadi. gen tuzilishini bashorat qilishda gistogramma usuli orqali nukleotidlar ketma-ketligining chastotasini tahlil qilish orqali 70% gacha aniqlikka erishiladi. mashina o'rganish algoritmlari, jumladan, neyron tarmoqlar, gen tuzilishini 90% gacha aniqlik bilan bashorat qilishda qo'llaniladi, bu esa katta hajmdagi ma'lumotlarni qayta ishlash imkonini beradi. threading usuli threading usulida ma'lum bir oqsilning 3d tuzilishini bashorat qilish uchun ma'lumotlar bazasidagi 1000 dan ortiq ma'lum tuzilishli oqsillar bilan taqqoslash amalga oshiriladi. ushbu usul, oqsil ketma-ketligi va ma'lum tuzilishli oqsillar o'rtasida 70% dan yuqori o'xshashlik aniqlanganda, yuqori aniqlikdagi 3d modelni hosil qila oladi. threading, gorizontal gen o'tkazishni aniqlashda va …

4 / 6

holda, tuzilishni bashorat qilishning yanada murakkab, ammo universal usuli hisoblanadi. oqsil tuzilishini eksperimental aniqlash oqsil tuzilishini aniqlashda rentgen struktura tahlili yordamida 2-3 ångstrom darajasida aniqlikka erishish mumkin, bu esa aminokislotalarning aniq joylashishini ko'rsatadi. yadro magnit-rezonans (nmr) spektroskopiyasi oqsilning 3d tuzilishini eritma sharoitida o'rganish imkonini beradi, taxminan 1-2 ångstrom aniqlikda. kriogenli elektron mikroskopiya (cryo-em) usuli yordamida katta o'lchamli oqsil komplekslarining tuzilishini, 3 ångstromgacha aniqlikda tahlil qilish mumkin. 📌xulosa oqsil va gen tuzilishini bashorat qilish usullari doimiy ravishda rivojlanmoqda va bu sohada aniqlik va samaradorlikni oshirishga imkon beradi, biotexnologiya va tibbiyotda yangi imkoniyatlar ochib beradi. 📚foydalanilgan adabiyotlar 1. rost, b. (2003). protein structure prediction. current opinion in structural biology, 13(3), 392-398. 2. jones, d. t. (1999). protein secondary structure prediction based on position-specific scoring matrices. journal of molecular biology, 292(2), 195-202. 3. altschul, s. f., madden, t

5 / 6

Want to read more?

Download all 6 pages for free via Telegram.

Download full file

About "ab initio modellashtirish"

gen va oqsil strukturalarini bashorat qilish xusanova rashida 📝annotatsiya oqsil va gen tuzilishini bashorat qilish, bioinformatika sohasida muhim ahamiyatga ega bo'lib, dnk ketma-ketligini tahlil qilish orqali oqsil tuzilishini va funksiyasini oldindan aytish imkonini beradi. bu jarayon murakkab hisoblanadi va turli algoritmlarni qo'llashni talab qiladi. 🔑kalit so'zlar. oqsil, gen, struktura, bashorat, sekvensiya, model, prognozlash, tuzilma, funktsiya, homologiya, ab initio modellashtirish ab initio modellashtirishda oqsil tuzilmasini bashorat qilish uchun turli xil algoritmlar, masalan, rosetta yoki i-tasser, 100 dan ortiq amino kislotalar ketma-ketligiga ega bo'lgan murakkab oqsillarni modellashtirishda 5-10 ångström aniqlikka erishishi mumkin. ab initio modellashtirish, eksperimental ...

This file contains 6 pages in DOCX format (17.6 KB). To download "ab initio modellashtirish", click the Telegram button on the left.

Tags: ab initio modellashtirish DOCX 6 pages Free download Telegram