laboratoriya tadqiqotlarni o‘tkazish bo‘yicha metodolik ko‘rimalar

DOCX 41 pages 139.9 KB Free download

41 pages

FaylHub.uz

Download via Telegram

Size 139.9 KB

File type DOCX

Pages 41

Updated Dec 2025

Page preview (5 pages)

Scroll down 👇

1 / 41

x bob . laboratoriya tadqiqotlarni o‘tkazish bo‘yicha metodolik ko‘rimalar. laboratoriya ishi № 1. biologik ma'lumotlar bazalari (bdb) ishning maqsadi: talabani internetdagi ikkita eng muhim ma'lumotlar bazasi bilan tanishtirish: genbank ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/index.html ) - genlar va genomlar va ma'lumotlar bazasi _ oqsil ma'lumotlar bank ( pdb ) ( http://www.rcsb.org/pdb/ ) biologik makromolekulalar tuzilmalarining ma'lumotlar bazasi . _ _ uskunalar: kompyuter sinfi, internetga ulanish ushbu ishni bajarish davomida talaba quyidagilarni o'rganishi va o'zlashtirishi kerak: 1. muayyan oqsil nomi bilan nukleotidlar ketma-ketligini qidiring; 2. muayyan oqsil haqida ilmiy maqolalarni qidiring; 3. proteinning 3d tuzilishini tavsiflovchi faylni oling ; 4. brauzer dasturi ( rasmol ) yordamida oqsil uchinchi tuzilishini o'rganish . nazariy material (ish tartibi). entrez ncbi da mashina biz milliy markaz uchun biotexnologik ma'lumot ( ncbi http :// www . ncbi . nlm . nih . gov / ) - gen va genomik ketma-ketliklar uchun genbank ma'lumotlar bazasini yuritadi. ushbu veb-server ularni boshqa …

2 / 41

izni yangilangan entrez sahifasiga olib boradi (frantsuzcha “ kirish ”, “ awntray ” deb talaffuz qilinadi). ushbu sahifada siz bir vaqtning o'zida bir nechta ma'lumotlar bazalarini qidirishingiz mumkin. ushbu mashq uchun biz izotsitrat fermenti bilan qiziqamiz. dehidrogenaz , energiya ishlab chiqarishda muhim rol o'ynaydi. biz bu oqsilni kodlovchi genni ichak bakteriyasi, escherichia ichida qidiramiz coli . biz bakterial oqsil va mos keladigan sutemizuvchilar oqsilini solishtiramiz. c ) qidiruv maydoniga izotsitrat dehidrogenaza kiriting va o'tish tugmasini bosing. natijada bir nechta ma'lumotlar bazasidan mos yozuvlar bo'ladi. bizni nukleotid (dnk va rnk), genom (organizmlarning butun xromosomalari) va struktura (uch o'lchovli oqsil tuzilmalari) ma'lumotlar bazalari ma'lumotlari qiziqtiradi. nukleotidlar ketma-ketligini olish a ) nukleotidni bosing: natijalarning yuzlab sahifalaridan birinchisini ko'rasiz. biz qandaydir tarzda ushbu ro'yxatni u bilan ishlash qulay bo'lgan hajmga kamaytirishimiz kerak. buning uchun: b ) limitlar havolasini bosing. siz qidiruvni cheklash uchun turli xil variantlardan birini tanlashingiz mumkin bo'lgan sahifaga o'tasiz. c ) …

3 / 41

h hosil qilishimiz kerak. g ) yuborish bilan boshlanadigan ochiladigan menyudan matn variantini tanlang. bu havolalarsiz oddiy matn sahifasini yaratadi. h ) brauzerning fayl menyusidan saqlash-ni tanlang va sahifani j02799.gbk sifatida saqlang. nozik tomoni shundaki, bu fayl faqat ascii matnini o'z ichiga olsa ham, u unix formatida. unix, pc va mac platformalarida satr oxirini belgilovchi ascii belgisi boshqacha. va ) birinchi qator bizga ketma-ketlikning uzunligi 1568 bp (asosiy juftlar) va ketma-ketlik dnk ekanligini ko'rsatadi. haqiqiy ketma-ketlik origin qatoridan boshlanadi. ushbu chiziq genbank faylini ochishda indikator sifatida ishlatilishi mumkin. j ) agar siz xususiyatlar dan keyingi chiziqli qatorlarga qarasangiz, cds ni ko'rasiz. bu kodlash ketma-ketligining joylashuvi va genning oqsilga aylantirilgan qismini - nukleotidlar 291-1541ni o'z ichiga oladi. nima uchun barcha genetik ma'lumotlar oqsil aminokislotalariga aylantirilmaydi, ma'ruzalarda tushuntiriladi. bu dnk ketma-ketligini tahlil qilish uchun amaliy ahamiyatga ega. ilmiy maqolalarni qabul qilish amaliyotchi olimlar ko'pincha ma'lumotlar bazalaridan yuklab olingan ketma-ketliklar bilan bog'liq ishlarga …

4 / 41

rganish juda foydali bo'ladi. oqsillarning 3d tuzilmalari eksperimental tarzda aniqlanadi va ular haqidagi ma'lumotlar kosmosdagi atomlarning xyz koordinatalarini tavsiflovchi matn fayllari ko'rinishida saqlanadi. ushbu fayllarni saqlaydigan ma'lumotlar bazasi protein ma'lumotlar banki (avval brookhaven) va ko'pchilik molekulyar grafik dasturlari tomonidan tan olingan ma'lumotlar formati pdb formati deb ataladi. genbank o'zining mmdb ((molekulyar modellashtirish ma'lumotlar bazasi) da pdbdan olingan ba'zi ma'lumotlarni o'z ichiga oladi, ammo protein ma'lumotlar bankiga havolalar ham mavjud. izositrat dehidrogenaza uchun bir nechta ma'lumotlar bazalarini qidirish kerak bo'lishi mumkin bo'lgan entrez bosh sahifasiga qayting. a ) struktura belgisini bosing. bu siz uchun icdh tuzilmalarining ikki sahifasini ochadi. biz bittasini yopishimiz kerak - oqsilni bog'langan izotsitrat bilan o'z ichiga olgan. b ) ikkinchi sahifada 5icd tugmasini bosing. siz mmdb da ushbu tuzilmaning sahifasiga o'tasiz. rasmol chime plaginidan foydalaning - bu oqsilni ko'rishingiz mumkin bo'ladi. ushbu faylni yuklab olishimiz kerak. c ) pdb ni bosing: 5icd. bu bizni pdb saytidagi http://www.rcsb.org/pdb/ …

5 / 41

ww.umass.edu/microbio/rasmol/ yoki http://rasmol.org/ va uni o'rnating. siz qora grafik ekranni ko'rasiz. rasmol - grafik interfeysli dastur. ammo uning to'liq quvvati odatda yashirin bo'lgan matn oynasiga kiritilgan buyruq qatori va buyruqlar yordamida namoyon bo'ladi. rasmolreferencecard -ga qarang http://www.openrasmol.org/software/rasmol 2.7.3/doc/readme.html (shuningdek, buyruqlar va dastur kalitlarining to'liq to'plamini o'z ichiga olgan onlayn qo'llanma ham mavjud). bundan tashqari, rasmolni mahalliy kompyuteringizga yuklab olishingiz mumkin http://www.bernstein-plus-sons.com/software/rasmol/ va http://rasmol.org/ a buyruq satri oynasini kengaytiring . b ) agar buyruq satri oynasining foni oq bo'lishini xohlasangiz, ushbu oynada "oq fonni o'rnatish" ni kiriting. c ) 5icd.pdb faylini fayl menyusidagi ochish buyrug'i yordamida yuklang. d ) protein sim-ramka ko'rinishida paydo bo'ladi. bu biologlar uchun foydali bo'lishi mumkin, chunki u alohida aminokislotalarni o'rganishga imkon beradi, ammo bu holda ularni oqsilning birlamchi tuzilishi bilan, ya'ni uning ketma-ketligi bilan bog'lash qiyin bo'lishi mumkin. e ) "proteinni cheklash" ni kiriting f ) displey menyusidan backbone pastki menyusini tanlang. siz oqsilning boshlanishini ko'rasiz, …

Want to read more?

Download all 41 pages for free via Telegram.

Download full file

About "laboratoriya tadqiqotlarni o‘tkazish bo‘yicha metodolik ko‘rimalar"

x bob . laboratoriya tadqiqotlarni o‘tkazish bo‘yicha metodolik ko‘rimalar. laboratoriya ishi № 1. biologik ma'lumotlar bazalari (bdb) ishning maqsadi: talabani internetdagi ikkita eng muhim ma'lumotlar bazasi bilan tanishtirish: genbank ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/genbank/index.html ) - genlar va genomlar va ma'lumotlar bazasi _ oqsil ma'lumotlar bank ( pdb ) ( http://www.rcsb.org/pdb/ ) biologik makromolekulalar tuzilmalarining ma'lumotlar bazasi . _ _ uskunalar: kompyuter sinfi, internetga ulanish ushbu ishni bajarish davomida talaba quyidagilarni o'rganishi va o'zlashtirishi kerak: 1. muayyan oqsil nomi bilan nukleotidlar ketma-ketligini qidiring; 2. muayyan oqsil haqida ilmiy maqolalarni qidiring; 3. proteinning 3d tuzilishini tavsiflovchi faylni oling ; 4. brauzer dasturi ( rasmol ...

This file contains 41 pages in DOCX format (139.9 KB). To download "laboratoriya tadqiqotlarni o‘tkazish bo‘yicha metodolik ko‘rimalar", click the Telegram button on the left.

Tags: laboratoriya tadqiqotlarni o‘tk… DOCX 41 pages Free download Telegram