oqsil strukturaviy tekislanishlar

PPT 27 pages 2.3 MB Free download

27 pages

FaylHub.uz

Download via Telegram

Size 2.3 MB

File type PPT

Pages 27

Updated Dec 2025

Page preview (5 pages)

Scroll down 👇

1 / 27

nukleotidlar ketma – ketligini tahlilini amalga oshiruvchi dasturlar reja: strukturaviy tekislanishlar. oqsil strukturalarini modellashtirish va oldindan aytish. genomlarda oqsil strukturalarini aniqlash. evolyusiyada oqsil funksiyasining divergensiyasi ochiq o'qish ramkalaridan (orf) bitta dalil sifatida keng tarqalgan foydalanish bu genni bashorat qilishga yordam berishdir. uzoq orflar ko'pincha boshqa dalillar bilan birgalikda dnk ketma-ketligida proteinli kodlash hududlari yoki funktsional rnk kodlash hududlarini aniqlash uchun ishlatiladi. rufning mavjudligi bu mintaqa doimo tarjima qilinishini anglatmaydi. masalan, har bir nukleotidning teng foizli tasodifiy hosil bo'lgan dnk ketma-ketligida, 21 ta kodondan bir marta to'xtash kodoni kutilishi mumkin. prokaryotlarning oddiy genlarini aniqlash algoritmi original kodonni izlashi mumkin, so'ngra odatdagi oqsilni kodlash uchun etarli bo'lgan ochiq o'qish doirasi mavjud. bu mintaqaning kodonidan foydalanish ma'lum bir organizmning kodlash mintaqalari uchun chastota javobiga mos keladigan joyda. shu sababli, ba'zi mualliflarning ta'kidlashicha, ruf minimal uzunlikka ega bo'lishi kerak, masalan 100 kodon yoki 150 kodon. o'z-o'zidan, hatto ochiq o'qish doirasi ham ma'lum bir gen …

2 / 27

kin. bu holat, masalan, slamf1 geniga xosdir. yaxshi yaqinlik uchun, har bir qoldiqning asosiy zanjirining konformatsiyasi, agar u glitsin bo'lmasa, ikkita diskret holat bilan chegaralanadi. barcha oqsil tuzilmalari uchun umumiy bo'lgan chiziqli polipeptid zanjirining bir qismi rasmda ko'rsatilgan. 5.2. har bir qoldiqda n-0 va ca-c yagona bog'lanishlari atrofida aylanishga ruxsat beriladi (prolin bundan mustasno). bu bog'lar atrofidagi aylanish burchaklari fi va peptid bog'i atrofidagi aylanish burchagi u> qoldiqning konformatsiyasini aniqlaydi. peptid bog'ining o'zi tekislikka moyil bo'lib, u uchun ikkita ruxsat etilgan qiymat mavjud: trans , w burchaklarining ketma- ketligi oqsil zanjirining konformatsiyasini aniqlaydi. ikki atomning kosmosda bir xil joyni egallamasligi printsipi konformatsion burchaklarning mumkin bo'lgan qiymatlari to'plamini cheklaydi. u> - 180 ° uchun ph va ph ning ruxsat etilgan qiymatlari grafikning ma'lum joylariga to'g'ri keladi, bu sasisekharan-ramakrishnan-ramachandran xaritasi yoki odatda qisqartirilgan "ramachandran xaritasi" deb ataladi (5.3-rasmga qarang). undagi qat'iy chiziqlar ph va ph qiymatlarining energiya jihatidan afzal qilingan diapazonlarini cheklaydi …

3 / 27

keladi. /3-konformatsiyada qoldiqlarning almashinishi /3-torning hosil bo'lishiga olib keladi. ikki yoki undan ortiq /3-iplar bir tekislikda o'zaro ta'sirlanib, atsilfosfatazadagi kabi /3-varaq hosil qilishi mumkin (5.1-rasm). spiral va choyshablar standart "blankalar" bo'lib, ko'pchilik oqsillarning uch o'lchovli tuzilishini tashkil etuvchi tizimli komponentlardir. ular nisbatan zaif o'zaro ta'sirlar - asosiy zanjir atomlari orasidagi vodorod aloqalari bilan barqarorlashadi (1.7-rasm). ba'zi fibrillyar oqsillarda barcha qoldiqlar bir turga tegishli: jun tarkibida a-spiral, ipak esa -/3 varaq. turli kasalliklarda ko'plab oqsillardan kelib chiqadigan amiloid fibrillalari ham katta /3-barglarni o'z ichiga oladi odatda globulyar oqsillar bir-biriga navbat bilan bog'langan bir nechta a-spiral mintaqalarni va / yoki /3-varaqlarni o'z ichiga oladi. odatda, n-spiral mintaqaning oxiri yoki /3 - varaq oqsil strukturasining sirt domenida paydo bo'ladi. ular halqalar bilan bog'langan, ya'ni zanjir yo'nalishini o'zgartiradigan va strukturaning ichiga kiradigan bo'limlar. ko'pchilik, lekin hammasi emas, ilmoqlar , odatda, zaryadlangan yoki qutbli qoldiqlarni o'z ichiga olgan sirtga chiqadigan qisqa zanjir orqali hosil bo'ladi. …

4 / 27

zaryadga ega. asp va c1u manfiy zaryadlangan, liz va arg esa musbat zaryadlangan. (qarama-qarshi zaryadlangan qoldiqlar juft boʻlib oʻzaro taʼsirlashib, tuz koʻpriklarini hosil qilishi mumkin.) polarlik. ba'zi qoldiqlar qutbli; ular boshqa qutb qoldiqlari bilan ham, asosiy zanjir bilan ham, suv bilan ham vodorod aloqalarini hosil qilishi mumkin . boshqa qoldiqlar elektr neytraldir. ba'zilarida metan yoki benzol kabi oddiy uglevodorodlar kabi kimyoviy guruhlar mavjud. uglevodorodlarning suv bilan o'zaro ta'siri termodinamik jihatdan noqulay bo'lganligi sababli, bunday qoldiqlar hidrofobik deyiladi. oqsillarning ichki qismidagi hidrofobik qoldiqlarning yopishishini kauzman (wl kaigtapp) oqsillarning birinchi fazoviy tuzilmalari deshifrlanishidan oldin ham bashorat qilgan. bu hodisa oqsil strukturasini barqarorlashtirishga juda katta hissa qo'shadi. bu suv yuzasida yog' tomchilarining paydo bo'lishiga o'xshaydi. (254-betdagi hidrofobik ta'sirga qarang). shakl va qattiqlik. yon zanjirning konformatsiyasi uning kimyoviy tuzilishiga va ichki konformatsion harakatchanligiga bog'liq har bir aminokislota uchun ma'lum son berilgan hidrofobiklik shkalasidan foydalanib, oqsilning aminokislotalar ketma-ketligi bo'yicha hidrofobiklikning o'zgarishini xaritalash mumkin. u gidrofobiklik …

5 / 27

n aminokislotalar qoldiqlarining pozitsiyalari bilan aylanishlarning (a-spirallar va /3-barglarning iplari orasidagi) bog'liqligini kuzatish mumkin. hidrofobiklik profilida. hidrofobiklik profilidagi to'rtta asosiy minimal burilishlar pozitsiyalari yaqinida joylashgan. yana bir minimal sirtga ta'sir qiladigan maydonga to'g'ri keladi, lekin strukturada u burilishdan ko'ra /3 varaqning iplaridan biri hisoblanadi . minimalardan biri a-spiral ichida joylashgan. o'z navbatida, bir qator o'tishlar hidrofobiklik grafigidagi minimallarga mos kelmaydi. shunday qilib, foydali ma'lumotni hidrofobiklik profillaridan to'plash mumkin, ammo ulardan oqsil tarkibidagi barcha burilishlarni aniq taxmin qilish mumkin emas. moddaning empirik, molekulyar va strukturaviy ko’rinishlari bo’ladi. molekula quyidagilar asosida tuziladi: nuqtaviy strukturalar gibridlanish zig-zag (skelet) tuzilishlar elektromanfiylik kimyoviy ma'noda oqsil bir xil turdagi molekula bo'lib, u poliaminokislotalar zanjiri yoki polimeridir. u 20 turdagi aminokislotalar ketma-ketligidan iborat. oqsillarning tuzilishini o'rganib, odamlar hayron bo'lishdi: aminokislotalarning mutlaqo yangi ketma-ketligini loyihalash mumkinmi, shunda ular bajariladi. inson uchun zarur oddiy oqsillarga qaraganda ancha yaxshi ishlaydi? ushbu jasur g'oya uchun ism eng mos keladi protein muhandisligi. …

Want to read more?

Download all 27 pages for free via Telegram.

Download full file

About "oqsil strukturaviy tekislanishlar"

nukleotidlar ketma – ketligini tahlilini amalga oshiruvchi dasturlar reja: strukturaviy tekislanishlar. oqsil strukturalarini modellashtirish va oldindan aytish. genomlarda oqsil strukturalarini aniqlash. evolyusiyada oqsil funksiyasining divergensiyasi ochiq o'qish ramkalaridan (orf) bitta dalil sifatida keng tarqalgan foydalanish bu genni bashorat qilishga yordam berishdir. uzoq orflar ko'pincha boshqa dalillar bilan birgalikda dnk ketma-ketligida proteinli kodlash hududlari yoki funktsional rnk kodlash hududlarini aniqlash uchun ishlatiladi. rufning mavjudligi bu mintaqa doimo tarjima qilinishini anglatmaydi. masalan, har bir nukleotidning teng foizli tasodifiy hosil bo'lgan dnk ketma-ketligida, 21 ta kodondan bir marta to'xtash kodoni kutilishi mumkin. prokaryotlarning oddiy genlarini ...

This file contains 27 pages in PPT format (2.3 MB). To download "oqsil strukturaviy tekislanishlar", click the Telegram button on the left.

Tags: oqsil strukturaviy tekislanishl… PPT 27 pages Free download Telegram