biologik makromolekulalarni vizuallashtirishning zamonaviy usullari

DOCX 15 sahifa 596,8 KB Bepul yuklash

15 sahifa

FaylHub.uz

Telegram orqali yuklab olish

Hajm 596,8 KB

Fayl turi DOCX

Sahifalar 15

Yangilangan Dek 2025

Sahifa ko'rinishi (5 sahifa)

Pastga aylantiring 👇

1 / 15

5-mavzu. biologik makromolekulalarni vizuallashtirishning zamonaviy usullari. oqsillarning strukturasini va xususiyatlarini in silico sharoitida o‘rganish reja: 1. fazoviy strukturani vizualizatsiyalash. 2. rasmol dasturi va unda ishlash tartibi. 3. pymo1 va i-tassek dasturlarida ishlash. 4. yaratilgan strukturalarni rdv, mmdv ma’lumotlar bazalariga joylashtirish. 5. polipeptid birlamchi strukturasining uchlamchi strukturaga o‘tishi 6. global va mahalliy alignmentlarni solishtirish. 7. makromolekulalar modellashtirishda modeller dasturining qo‘llanilishi tayanch so‘zlar: rasmol, rumo1 va i – tassek, rdv, mmdv, “zappo", " clastal", in silico, in vivo, fast, nlp, gromacs96, srs3d, “patch clamp”,t-cofee. ma’lumotlar bazalari. james watson va francis crick tomonidan 1953 yilda dnkning fazoviy tuzilishini kashf qilish va “nature” jurnalida "dezoksiribonuklein kislotaning tuzilishi", nomli maqola chop etiilgandan beri, zamonaviy tibbiyot va biologiya inson tabiatini tushunish va kasalliklarga tashxis qo‘yish va davolashning yangi usullarini ishlab chiqish borasida katta yutuqlarga erishdi. oxirgi yillarda molkulyar biologiya tadqiqotlarida yamr, immunofluorescence, mikroskopiya, pzr (polimeraza zanjir reaktsiyasi), fret (fluorescence resonance energy transfer) kabi usullarning qo‘llanilishi, sitometriyaning …

2 / 15

’lumot olish mumkin emas, lekin xali bu ma’lumotlar to‘liq shakllangan emas. oxirgi yillarda olimlar asosiy e’tibori irsiy axborot makromolekulalarining tuzilishi (dnk va rnk), ularning alohida qismlarining vazifasi va birlamchi, ikkilamchi, uchlamchi va to‘rtlamchi strukturalar oqsil makromolekulalari, ularning o‘zgaruvchanligi, faolligi, fizik va biologik xususiyatlarini tadqiqot qilishga qaratilgan. bioinformatika (hisoblash biologiyasi)-nuklein kislotalarning ketma-ketliklarini o‘rganuvchi fan, oqsillardagi dnk/rnk yoki aminokislotalardagi ketma-ketliklar, ularning evolyutsiyasi va yuqorida aytib o‘tilgan organizm strukturasini tashkil etuvchi makromolekulalar, elementlar ketma-ketligi va fazoviy tuzilish orasidagi munosabatlar makromolekulalar, ularning fizik xossalari va vazifalarini o‘rganadi. yevropa bioinformatika instituti olimlarining ta’rifiga ko‘ra bioinformatika kompyuter texnologiyalarining biologik ma’lumotlarini boshqarish va tahlil qilishi tushuniladi. bu ta’rif bo‘yicha, kompyuter va axborot texnologiyalaridan foydalanishni nazarda tutadi, biologic ma’lumotlarni to‘plash, tahlil qilish va saqlash. bioinformatika matematika, informatika va biologiya o‘rtasidagi interfeysda matematik modellashtirishni keng qo‘llaydi va faqat ish stolida kompyuterlarning hisoblash kuchidan emas, balkim ko‘p sonli klaster kompyuterlar majmuasidan katta hajmdagi axborotlarni boshqarish bilan bog‘liq masalalarni yechish tizimlaridan …

3 / 15

juft (pairwise alignment) va bir necha (multiple sequence alignment msa), mahalliy, global qatorlarini tahrirlash usullari mavjud. usulning mohiyati shundan ikki yoki undan ortiq ketma-ketliklar bir xil yoki o‘xshash bo‘limlar va farqlarga ko‘ra solishtirish o‘tkaziladi. genlar evolyutsiyasi davomida mutatsiyalar, insertsiyalar yoki deletsiyalar sodir bo‘lishi mumkinligi sababli ketma-ketlikda "gaps" qo‘shimchalar qo‘shishga ruxsat beriladi. ushbu tadqiqotlar natijasida nukleotidlar yoki aminokislotalar va ularning barcha taqqoslangan ketma-ketliklarda mavjud bo‘lgan guruhlarini (motivlarni) aniqlash mumkin. ya’ni aniq xulosa bilan aytish mumkinki, bu" konservativ " qismlar biologik faol oqsillardagi saytlar evolyutsiya davomida o‘zgarmaganligi yoki o‘zgarganligi, qarindosh protein yoki dnklarni aniqlash, o‘rganilayotgan ketma-ketlik evolyutsiyasini kuzatishimiz mumkin. turli xil oqsillarning yoki dnk larining ketma-ketligini tahlil qilish organizmlardan ajratilgan genlar yoki oqsillarning evolyutsiya yo‘nalishi o‘rganishga va birinchi paydo bo‘lgan vaqtidan oxirgi turdagi faoliyatini tahlil qilish imkonini beradi. shunday qilib, msa yordamida muayyan turning kelib chiqishi va mutatsiyalar chastotasini bilish haqidagi savollarga javob berishingiz mumkin, uning tahminiy yoshini aniqlashingiz mumkin. ikkita oqsilni …

4 / 15

g‘liq bo‘lgan turli masalalarni yechishda foydalanadi. bugungi kunda proteinning uchlamchi strukturasi uning biologik funksiyasini begilanishini aniqlangan, shuning uchun oqsilni tashkil qilgan aminokislotalar ketma-ketligidan tashqari, ularning fazoviy tuzilishini bilish katta ahamiyatga ega. xozirda oqsilning uchlamchi strukturasini aniqlashda ikki xil uslubdan foydalanadi: yamr (yadroli magnit rezonansi), va rentgenostruktur tahlil. bu tadqiqotlardan olingan ma’lumotlar maxsus bankiga kiritiladi: pdb, srs, srs3d, scop, cath, pfam va boshqalar. ikkala uslubda albatta kamchiliklar mavjud va o‘tkazilishi murakkab hisoblanadi. bioinformatika oqsillarning uchlamchi strukturasi bashorat qilishda va vizualizatsiya qilishda boshqa uslublardan foydalaniladi. gomologlarni qidirish va modellashtirish (homology modeling) kvant mexanikasi va molekulyar dinamika qonunlari asosida bashorat qilish (ab initio prediction) statistic ma’lumotlar asosida ikkilamchi strukturasini bashorat qilish, folding tanish (fold recognition yoki threading) va oxirgisi strukturani tahrirlash (structural alignment) ishlarini amalga oshiradi. lekin bu uslublar 3d struktarasini aniq bashorat qila olmaydi, chunki turli ma’lumotlar bazasida mavjud bo‘lgan noma’lum gomolog strukturasi yoki statistic ishonchga ega bo‘lgan bog‘lanishlar aminokislotalar ketma-ketliklari o‘rtasidagi …

5 / 15

lumot berish mumkin. bu kichkina to‘liq proteinning faol markaziga tanlanma faollashtirish yoki bloklash bo‘yicha molekulalarni modellashtirish mumkin. bunday modellashtirish yangi dori vositalarini ishlab chiqarishda, ko‘p xajmdagi hisoblash ishlari va vaqt resurslarini talab qilinishiga qaramasdan keng qo‘llaniladi. biologik ma’lumotlarning viziualizatsiyasi intuitiv tasavvurda tushirish hisoblash biologiyasining xal qiluvchi vazifalaridan biri hisoblanadi. ma’lumki, inson 90% ma’lumotni ko‘rish organlari orqali oladi, shuning uchun tadqiqotchilar makromolekulalarni va ular komplekslarini viziualizatsiya qilish oqsil strukturasining fazoviy tuzilishi ularning guruhlarining, oqsil-dnk komplekslari, oqsil-ligand komplekslari bilan samarali ish olib borishda katta axamityaga egadir va maxsus dastur ta’minotlari mavjud bo‘lib, ma’lumotlar bankidan kerakli strukturalarni tanlab olishda va tadqiqot qilingan molekulalarni tasvirlab berish yoki guruhlarni tushirish va tahlil qilish uchun tasvirlash xususiyatiga egadir. xuddi shuningdek, bu paketlar murakkab bo‘lmagan annimatsiyalarni tuzishda, bir yoki bir nechta uslub asosida molekulalar potentsial energiyasini minimalizatsiyalashda, de novo sharoitida tadqiqot qilingan qismlarni modellashtirishda ya’ni in silico da mutatsiyalar hosil bo‘lishi uchun sharoit yaratib berishi, tugunlar hosil …

Ko'proq o'qimoqchimisiz?

Barcha 15 sahifani Telegram orqali bepul yuklab oling.

To'liq faylni yuklab olish

"biologik makromolekulalarni vizuallashtirishning zamonaviy usullari" haqida

5-mavzu. biologik makromolekulalarni vizuallashtirishning zamonaviy usullari. oqsillarning strukturasini va xususiyatlarini in silico sharoitida o‘rganish reja: 1. fazoviy strukturani vizualizatsiyalash. 2. rasmol dasturi va unda ishlash tartibi. 3. pymo1 va i-tassek dasturlarida ishlash. 4. yaratilgan strukturalarni rdv, mmdv ma’lumotlar bazalariga joylashtirish. 5. polipeptid birlamchi strukturasining uchlamchi strukturaga o‘tishi 6. global va mahalliy alignmentlarni solishtirish. 7. makromolekulalar modellashtirishda modeller dasturining qo‘llanilishi tayanch so‘zlar: rasmol, rumo1 va i – tassek, rdv, mmdv, “zappo", " clastal", in silico, in vivo, fast, nlp, gromacs96, srs3d, “patch clamp”,t-cofee. ma’lumotlar bazalari. james watson va francis crick tomonidan 1953 yilda dnkning fazoviy ...

Bu fayl DOCX formatida 15 sahifadan iborat (596,8 KB). "biologik makromolekulalarni vizuallashtirishning zamonaviy usullari"ni yuklab olish uchun chap tomondagi Telegram tugmasini bosing.

Teglar: biologik makromolekulalarni viz… DOCX 15 sahifa Bepul yuklash Telegram