biologik makromolekulalarni vizualizatsiyalashtirishning zamonaviy usullari

PPT 25 sahifa 3,9 MB Bepul yuklash

25 sahifa

FaylHub.uz

Telegram orqali yuklab olish

Hajm 3,9 MB

Fayl turi PPT

Sahifalar 25

Yangilangan Dek 2025

Sahifa ko'rinishi (5 sahifa)

Pastga aylantiring 👇

1 / 25

nukleotidlar ketma – ketligini tahlilini amalga oshiruvchi dasturlar reja: fazoviy strukturani vizualizatsiyalashning asosiy prinsiplari. rasmol dasturi va unda ishlash tartibi. biologik makromolekulalarning birlamchi strukturasi asosida ularni vizualizatsiyalashtirish. pymol va i tasserdasturlarida ishlash. agarda ketma –ketlik taxlilida qandaydir yutuqlarga erishilgan bo’lsa, yuqori strukturalarni to’liq taxlil etish uchun hali ko’p yillar davomida ish olib borishga to’g’ri keladi. ketma-ketliklarni to’g’ri joylashtirish muammosi zamonaviy molekulyar biologiyaning asosiy mavzusi hisoblanadi. aminokislotalarning chiziqli ketma–ketligi qanday qilib oqsilning uchlamchi strukturasini belgilaydi. 1961 yilda ribonukleazaning to’liq denaturasiyaga uchraganligi va fermentativ faolligi va dastlabki strukturasining to’liq qayta tiklanganligi namoyish etilgan. shundan so’ng birlamchi struktura uchlamchi strukturani belgilaydi degan xulosaga kelingan. dastlab oqsil molekulalarning joylashishini belgilovchi qonuniyatlar belgilangan. 1998 yilda ikkilamchi strukturani belgilovchi usul 50-60% ishonchlilik darajasiga ega bo’lgan. biologik makromolekulalarning birlamchi strukturasi asosida ularning fazoviy strukturalarini aniqlash, ularning to’g’ri taxlanish qonuniyatlarini tushunish uchun rasmol, pymol, modeller kabi bir qancha bioinformasion dasturlar mavjud. ular yordamida ketma-ketligi aniqlangan makromolekulalarni vizualizasiyalashtirish mumkin. …

2 / 25

a molekulalarning fazoviy strukturasini namoyon etuvchi uchlamchi strukturalar shakllanadi. molekulyar modellashtirish usullari kompyuterli kimyo, hisoblash biologiyasi va molekulyar sistemalardagi bog’lanishlarning tiplarini individual ko’rinishda tasvirlash uchun qo’llaniladi oddiy tizimlarni molekulyar modellashtirish jarayonida hisoblash ishlari qo’lda bajarilishi mumkin. lekin, murakkab tizimlarni molekulyar modellashtirish jarayonida ayniqsa, molekulyar dinamikasini tadqiq etish jarayonida hisoblash va vizuallashtirishning kompyuterli usullaridan foydalaniladi. bunday texnika kompyuterli molekulyar modellashtirish deb nomlanadi ( inglizchada somputer assisted molecular modeling-camm). molekulyar modellashtirishning asosiy belgisi bu sistemalarni kichik qismlar asosida, atomlar yoki uncha katta o’lchamga ega bo’lmagan atomlar guruxi hisoblanadi. aynan shu hususiyati bilan molekulyar modellashtirish elektronlar ham hisobga olinadigan kvant kimyosidan farqlanadi molekulyar mexanika –molekulyar modellashtirishning bir usuli bo’lib, modelning fizik asoslarini ochib berish uchun klassik mexanika qonunlaridan foydalaniladi. atomlar mos ravishdagi zaryadlar bilan ifodalanadi. qo’shni atomlar orasidagi bog’lanishlar molekulaga hos kimyoviy bog’lar vositasida mustaxkam bo’ladi va van-der-vals kuchlari yordamida bu bog’lar yanada mustaxkamlanadi. elektrostatik bog’lanishlar kulon qonuni asosida tushuntiriladi. fazodagi atomlarga dekart …

3 / 25

asi singari aniqlanadi. molekulalar vakuumda modellashtirilishi mumkin va shu bilan birga erituvchi, masalan suv vositasida ham bajarilishi mumkin. vaakumdagi sistemalarning qiymatlari „gaz faza“dagi hisoblashlar, shuningdek erituvchi molekulasini o’z ichiga oluvchi qiymatlarni „aniqberilgan erituvchi bilan“ qiymatlari deb atalishi mumkin. hisoblashlarning boshqa guruxi erituvchining mavjudligini aniq bo’lmagan erituvchi bilan“ qiymatlar deb ataluvchi potensial funksiyaning qo’shimcha a’zolari bilan hisobga olinadi. hozirgi kunda molekulyar modellashtirish metodlari noorganik, biologik va polimer sistemalarning termodinamikasi, dinamikasi va strukturalarini o’rganishda qo’l kelmoqda. biologik nuqtai nazardan oqsillarning barqarorligi, konformasion o’zgarishlar va oqsillar, dnk, membranalardagi molekulyar tanish muammolari molekulyar modellashtirish usullari asosida o’rganiladi. rasmol - kompyuterli programma bo’lib, molekulalarning vizualizasiyasi uchun va biologik makromolekularni fazoviy strukturasining tuzilishini olish hamda ularni tuliq ko’rganishda qo’llaniladi. birinchi o’rinda oqsil va nuklein kislotalar strukturalarini vizualizasiyasi uchun qo’llaniladi. rasmol programmasi birinchi bo’lib 1990- yillarda rodjer seyl tomonidan aniqlangan. rasmol bioinformatika va molekulyar biologiyada aktiv qo’llaniladigan molekulalarning vizualizasiyalovchi eng yaxshi o’quv dastur sanaladi «rasmol» so’zi – …

4 / 25

iy oynasining adresi quyida berilgan. www.umass.edu/microbio/rasmol proteopedia wiki -da interaktiv molekulalar va maxsus molekulyar ko'rinishlarni bir zumda veb-sahifaga qo'yishingiz mumkin . polyview-3d dan foydalanib , nashriyot sifatli molekulyar grafiklarni, jumladan powerpoint slaydlari uchun aylantiruvchi tasvirlarni yaratishingiz mumkin . har qanday molekulani osongina o'rganish mumkin. jmolda firstglance bilan bir necha marta bosish orqali kovalent bo'lmagan o'zaro ta'sirlarning batafsil ko'rinishini oling . molekulalar consurf server bilan avtomatik ravishda evolyutsion saqlash orqali ranglanishi mumkin . hamma narsa menyular, tugmalar va shakllardan ishlaydi. (siz hech qanday "skript buyruq tilini" o'rganishingiz shart emas.) yordam avtomatik ravishda rangli tugmalar, maslahatlar va boshqalar bilan ko'rsatiladi. o'rnatish uchun hech narsa yo'q (ehtimol javadan tashqari) va hamma narsa windows, mac os x va linuxda ishlaydi «chime» va «protein explorer» dasturlari – «rasmol» ning hosilalari bo’lib, molekulalarni dastur oynasida vizualizasiyalashtirish imkonini beradi. ushbu dasturlarga kirish quyidagi adres orqali amalga oshiriladi: www.umass.edu/microbio/chime «molmol» atamasi inglizcha – molecule analysis and molecule display …

5 / 25

asini yoki deoksiribonuklein kislota molekulasini osongina aylantirishi va molekulaning uch o'lchovli tuzilishini namoyish etishi mumkin pymol - bu molekulyar vizualizatsiya tizimi. ham kichik molekulalar, ham biologik makromolekulalar, birinchi navbatda, oqsillarning yuqori sifatli uch o'lchamli tasvirlarini yaratishga imkon beradi. ilmiy adabiyotlarda nashr etilgan oqsil tuzilmalarining barcha tasvirlarining taxminan to'rtdan biri pymol yordamida yaratilgan.pymol tizimli biologiyada foydalanish uchun mos bo'lgan bir nechta ochiq manbali molekulyar tasvirlash tizimlaridan biridir. i-tasser ( i terative t hreading asse mbly r efinement) - aminokislotalar ketma-ketligidan oqsil molekulalarining uch o'lchovli struktura modelini bashorat qilish uchun bioinformatika usuli. [1] protein maʼlumotlari bankidan struktura shablonlarini katlamni aniqlash (yoki tishlash ) deb ataladigan usul yordamida aniqlaydi. to'liq uzunlikdagi tuzilma modellari replika almashinuvi monte-karlo simulyatsiyalaridan foydalangan holda tishli shablonlardan strukturaviy qismlarni qayta yig'ish orqali qurilgan . i-tasser oqsil tuzilishini bashorat qilishning eng muvaffaqiyatli usullaridan biridirjamoatchilik miqyosida casp tajribalarida usullar. i-tasser tuzilishga asoslangan oqsil funktsiyasini bashorat qilish uchun kengaytirilgan bo'lib, u maqsadli …

Ko'proq o'qimoqchimisiz?

Barcha 25 sahifani Telegram orqali bepul yuklab oling.

To'liq faylni yuklab olish

"biologik makromolekulalarni vizualizatsiyalashtirishning zamonaviy usullari" haqida

nukleotidlar ketma – ketligini tahlilini amalga oshiruvchi dasturlar reja: fazoviy strukturani vizualizatsiyalashning asosiy prinsiplari. rasmol dasturi va unda ishlash tartibi. biologik makromolekulalarning birlamchi strukturasi asosida ularni vizualizatsiyalashtirish. pymol va i tasserdasturlarida ishlash. agarda ketma –ketlik taxlilida qandaydir yutuqlarga erishilgan bo’lsa, yuqori strukturalarni to’liq taxlil etish uchun hali ko’p yillar davomida ish olib borishga to’g’ri keladi. ketma-ketliklarni to’g’ri joylashtirish muammosi zamonaviy molekulyar biologiyaning asosiy mavzusi hisoblanadi. aminokislotalarning chiziqli ketma–ketligi qanday qilib oqsilning uchlamchi strukturasini belgilaydi. 1961 yilda ribonukleazaning to’liq denaturasiyaga uchraganligi va fermentativ faolligi va dastlab...

Bu fayl PPT formatida 25 sahifadan iborat (3,9 MB). "biologik makromolekulalarni vizualizatsiyalashtirishning zamonaviy usullari"ni yuklab olish uchun chap tomondagi Telegram tugmasini bosing.

Teglar: biologik makromolekulalarni viz… PPT 25 sahifa Bepul yuklash Telegram