nukleotidlar ketma-ketligini tahlilini amalga oshiruvchi dasturlar

PPT 22 стр. 4,9 МБ Бесплатная загрузка

22 стр.

FaylHub.uz

Скачать через Telegram

Размер 4,9 МБ

Тип файла PPT

Страницы 22

Обновлено Дек 2025

Предварительный просмотр (5 стр.)

Прокрутите вниз 👇

1 / 22

nukleotidlar ketma – ketligini tahlilini amalga oshiruvchi dasturlar reja: biologik ketma-ketlikni taqqoslash blast algoritmi blast turlari dastlab 1950-yillarda frederik senjer insulin oqsilining ketma-ketligini aniqlagan vaqtdayoq molekulyar biologiya fanida kompyuterlarning ahamiyati orta boshlagan. boisi bir necha xil organizmlardagi insulin oqsilining ketma-ketligi tartibini o’zaro qo’lda solishtirib chiqish amaliy jihatdan imkonsiz bo’lgan. bu sohada ishlagan ilk tadqiqotchilardan biri margaret oukli deyxoff edi. u birinchilardan bo’lib oqsil ketma-ketligi haqidagi ma’lumotlarni to’plab, uni kitob holida chop etdi va ilk marotaba molekulyar evolutsiya sohasida o’zaro bir qatorga jamlangan oqsil yoki nukleotidlar ketma-ketligini qo’llash metodikasini ishlab chiqdi. ncbi direktori devid lipman uni “bioinformatikaning otasi va onasi” deb atagan edi. normal hujayraning turli kasalliklar vaqtida qanday o’zgarishini tadqiq etish uchun avvalo u haqidagi barcha biologik ko’rsatkichlar o’zaro umumlashtirilgan va bir butun sistemaga aylantirilishi lozim edi. mana shundagina olimlar hujayraning holatiga yaxlit bir nazar sola olish imkoniga ega edilar. xuddi mana shu nuqtada bioinformatika olimlarga juda qo’l kela boshladi. …

2 / 22

a ularni evolutsiya jarayonini o’rganishda; — butun boshli genomlarni solishtirishda (blast yordamida); bu esa evolutsion jarayonlarni yaxlit holatda o’rganish imkonini beradi. — populyatsiyalarning kompyuter modelini ishlab chiqishda; bu uzoq vaqt davomida ushbu biologik tizimdagi o’zgarishlar va o’ziga xoslik jarayonini o’rganish imkonini beradi. — juda ko’p turlar haqidagi ma’lumotlarni o’zida jamlagan maqolalarning yaratilishida. act – genom tahlilida qo’llaniladi. arlequin – populyatsion-genetik ma’lumotlarni tahlil etishda qo’llaniladi. blast – nukleotidlar va aminokislotalar ketma-ketligi xalqaro bazasidan eng yaqin bo’lgan qarindosh tur ketma-ketlikni aniqlashda qo’llaniladi. clustal – ko’pgina nukleotid va aminokislotalar ketma-ketligini o’zaro o’xshashlarini aniqlab bir qatorga yig’ishda qo’llaniladi. dnasp – dnk ketma-ketligidagi polimorfizm holatini tahlil qilish uchun qo’llaniladi. figtree – filogenetik daraxtni tahrir qilishda foydalaniladi. mega – molekulyar-evolutsion genetik tahlillarda foydalaniladi. blast (basic local alignment search tool – asosiy lokal tekislanishni izlash vositasi) bu kompyuter dasturlaridan biri bo’lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi. sodda qilib tushuntirilganda sizda …

3 / 22

klari va ularning uchastkalari bilan taqqoslaydi va quyidagi dasturlarni o’z ichiga oladi: megablast - yuqori o’xshashlikka ega ketma-ketliklarni tez solishtirishga mo’ljallangan dmegablast - bir – biriga uncha o’xshash bo’lmagan ketma – ketliklarni solishtirishga mo’ljallangan blastn - barcha o’xshash ketma – ketliklarni aniqlash asosida sekin taqqoslashga mo’ljallangan oqsillarni tadqiq etuvchi guruh o’rganilayotgan oqsilning aminokislotalar ketma – ketliklarini ma’lumotlar bazasida mavjud bo’lgan boshqa oqsillarning aminokislota ketma – ketliklari va ularning uchastkalari bilan taqqoslashni amalga oshiradi va quyidagi dasturlarni o’z ichiga oladi: blastp - barcha o’xshash ketma –ketliklarni izlash maqsadidagi sekin solishtirish cdart - domen arxitekturasiga binoan o’xshash bo’lgan gomologik oqsillarni izlashga mo’ljallangan rpsblast - konservativ domenlar ma’lumotlar bazalari ma’lumotlari bilan solishtirish translyatsiyalovchi dasturlar yordamida nukleotidlar ketma – ketliklari ko’rinishida berilgan axborotni aminokislotalar ketma – ketliklari ko’rinishiga o’tkazish va ularni boshqa ketma –ketliklar bilan taqqoslash uchun qo’llaniladi va quyidagi dasturlarni o’z ichiga oladi: blastx - o’rganilayotgan nukleotidlar ketma – ketligini kodlovchi aminokislotalar ko’rinishiga …

4 / 22

li kirish mumkin. https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/blast.cgi quyidagicha oyna ochiladi. nukleotidlarimizni birinchi yuqoridagi qizil ko’rsatgichda ko’rsatilgan joyga ko’chirib olib qo’yamiz (ctrl+c va ctrl+v). shundan so’ng ikkinchi ko’rsatkich ko’rsatayotgan joy belgilanganligini tekshiramiz. bu nuqta siz yuklagan nukleotidlarni qaysi ma’lumotlar ba’zasi bilan solishtirish kerakligini aniqlashtirish uchun kerak. u yerda ayni vaqtda human genomic + transcript – odam genomi va mouse genomic + transcript – sichqon genomi ma’lumotlar bazasi ko’rsatilmoqda. biz others – boshqalar degan bo’limini tanladik. oxirgi ko’rsatkich highly similar sequences – ‘juda ham o’xshash ketma-ketlik’ degan tugma tanlanganligini ko’rsatmoqda. bu bizga biz tekshirayotgan nukleotidlar ketma-ketligiga eng yaqin natijani ko’rsatib berishi uchun kerak. shulardan keyin pastda chap tomonda turgan blast tugmasini bir marotaba bosamiz. dastur bizga ncbi ma’lumotlar bazasidagi barcha nukleotidlar ketma-ketligi bilan bizning namunamizni solishtirib, biznikiga o’xshash bo’lgan natijalarni ko’rsatib beradi. blast bosilganidan so’ng quyidagi oyna ochiladi. ushbu tasvirdagi birinchi raqamda (1) bizning nukleotidlar ketma-ketligiga mos kelgan bazadagi organizmlarning nomi yozilgan. e’tibor bersangiz deyarli …

5 / 22

m.nih.gov/blast.cgi?cmd=web&page_type=blastnews bu havola orqali blast dasturidagi barcha yangiliklarni olishingiz mumkin.

Хотите читать дальше?

Скачайте все 22 страниц бесплатно через Telegram.

Скачать полный файл

О "nukleotidlar ketma-ketligini tahlilini amalga oshiruvchi dasturlar"

nukleotidlar ketma – ketligini tahlilini amalga oshiruvchi dasturlar reja: biologik ketma-ketlikni taqqoslash blast algoritmi blast turlari dastlab 1950-yillarda frederik senjer insulin oqsilining ketma-ketligini aniqlagan vaqtdayoq molekulyar biologiya fanida kompyuterlarning ahamiyati orta boshlagan. boisi bir necha xil organizmlardagi insulin oqsilining ketma-ketligi tartibini o’zaro qo’lda solishtirib chiqish amaliy jihatdan imkonsiz bo’lgan. bu sohada ishlagan ilk tadqiqotchilardan biri margaret oukli deyxoff edi. u birinchilardan bo’lib oqsil ketma-ketligi haqidagi ma’lumotlarni to’plab, uni kitob holida chop etdi va ilk marotaba molekulyar evolutsiya sohasida o’zaro bir qatorga jamlangan oqsil yoki nukleotidlar ketma-ketligini qo’llash metodikasini ishlab chiqdi. ncbi direktori devi...

Этот файл содержит 22 стр. в формате PPT (4,9 МБ). Чтобы скачать "nukleotidlar ketma-ketligini tahlilini amalga oshiruvchi dasturlar", нажмите кнопку Telegram слева.

Теги: nukleotidlar ketma-ketligini ta… PPT 22 стр. Бесплатная загрузка Telegram