protein tuzilishini bashorat qilish va o'rganishga zamonaviy yondashuvlar

DOCX 12 sahifa 300,4 KB Bepul yuklash

12 sahifa

FaylHub.uz

Telegram orqali yuklab olish

Hajm 300,4 KB

Fayl turi DOCX

Sahifalar 12

Yangilangan Dek 2025

Sahifa ko'rinishi (5 sahifa)

Pastga aylantiring 👇

1 / 12

vii mavzu. oqillarning tuzilishi va xususiyatlarini silico shartlarda o'rganish. neyral tarmoqlar. 1. protein tuzilishini bashorat qilish va o'rganishga zamonaviy yondashuvlar. kompyuter dasturlari yordamida fazoviy tuzilmani bashorat qilish (silikatda) tuzilishi hali eksperimental ravishda aniqlanmagan oqsillarning modellarini yaratishga imkon beradi. gomologik modellashtirish deb nomlanuvchi tuzilmani bashorat qilishning eng muvaffaqiyatli turi aminokislotalar ketma-ketligi bo'yicha modellashtirilgan oqsilga o'xshash mavjud "shablon" tuzilishiga tayanadi. proteinlarning fazoviy tuzilishini bashorat qilish usullari oqsil genetik muhandisligining rivojlanayotgan sohasida qo'llaniladi, ularning yordami bilan oqsillarning yangi uchinchi darajali tuzilmalari allaqachon olingan. murakkabroq hisoblash muammosi molekulyar docking va oqsil-oqsil o'zaro ta'sirini bashorat qilish kabi molekulalararo o'zaro ta'sirlarni bashorat qilishdir.[footnoteref:1] [1: https://sites.google.com/site/prirodnyebelki/methody-izucenia/predskazanie-struktury-i-modelirovanie] 0. ramachandran xaritalari: protein konformatsiyasining tavsifi molekulalar[footnoteref:2] [2: https://xn--n1afeh. xn--80abvyzg. xn-- p1ai/%d0%bc%d0%be%d0%bb%d0%b5%d0%ba%d1%83%d0%bb%d1%8b/%d0%a0%d0%b0%d0%b c%d0%b0%d1%87%d0%b0%d0%bd%d0%b4%d1%80%d0%b0%d0%bd.html] molekulalarning tuzilishini tavsiflashda "konfiguratsiya" va "konformatsiya" tushunchalari qo'llaniladi. konfiguratsiya atomlar to'plami va ularning ulanish tartibi bilan belgilanadi. butan va izobutan turli xil konfiguratsiyalarga ega. konformatsiya atomlarning fazoda bir-biriga nisbatan joylashishi bilan belgilanadi. konformatsiyani tavsiflovchi parametrlardan biri bog'lanish burchaklaridir …

2 / 12

tekislikda yotadi. ko'pgina molekulalar bir tekislikda yotmaydigan atomlardan iborat. bunday holda, bog'lanish burchaklari molekula konformatsiyasini bir ma'noda tasvirlashga imkon bermaydi. ushbu molekulalardagi barcha bog'lanish burchaklari 120 ° dir. h 2 o 2 molekulalari bir xil konfiguratsiyaga va bir xil bog'lanish burchaklariga ega, ammo ular turli xil konformatsiyalarga ega: bu molekulalarni qanday aylantirsangiz ham, siz kosmosdagi barcha atomlarning bir xil holatiga erisha olmaysiz. farqlarning yagona sababini ko'rish oson: ikkala holatda ham molekulaning yarmi, xuddi boshqasiga nisbatan aylantiriladi (o-o aloqasi aylanish o'qidir) va bu burilish yo'nalishi. ikki molekula uchun farq qiladi. molekulaning konformatsiyasini aniq aniqlash uchun burilish burchaklaridan foydalaniladi . burilish burchagi (bog' atrofida ) bu bog'ning qarama-qarshi tomonlarida joylashgan molekula qismlarining o'zaro aylanishini belgilovchi dihedral burchakdir. buralish burchaklarini ko'rsatish uchun qulay model quyidagi rasmda bo'lgani kabi to'rt atomli shartli tizimdir (a-b-c-d). bc bog'i atrofidagi buralish burchagi a, b, c va b, c, d atomlarini o'z ichiga olgan tekisliklar orasidagi ikki burchakli …

3 / 12

g: "b" yoki "c" atomlaridan bir nechta aloqalar ajralib chiqadigan vaziyatda , burchakni o'qish uchun kattaroq atom yoki kimyoviy guruh bilan bog'langanlar tanlanadi. ushbu qoidadan foydalanib, 1-xloro-1-ftor-propan molekulasidagi c1-c2 aloqasi atrofidagi burchakni aniqlashga harakat qiling. javob: buralish burchaklari nafaqat kichik molekulalar, balki makromolekulalar, xususan, oqsillarning ham konformatsiyasini tasvirlash uchun ishlatiladi. protein molekulasining konformatsiyasini tavsiflashda, deb ataladigan narsani ajratib ko'rsatish odatiy holdir. asosiy zanjir (polipeptid zanjirining "umurtqa suyagi" ni tashkil etuvchi atomlar - n, c a va c' aminokislota qoldiqlari) va yon zanjirlar (aminokislotalar qoldiqlari radikallari). burilish burchaklari (shuningdek, "oddiy" burchaklar) odatda yunoncha harflar bilan belgilanadi. burchaklar rasmda ko'rsatilgan havolalar atrofida tegishli harflar bilan belgilanadi. asosiy zanjirni tashkil etuvchi bog'lar atrofidagi burchaklar f (phi), y (psi) va sh (omega) harflari bilan belgilanadi; radikaldagi bog'lanishlar atrofidagi burchaklar ca-atomdan hisoblangan raqamli indekslar bilan x (chi) harfi bilan belgilanadi. keling, asosiy zanjirni batafsil ko'rib chiqaylik. i-chi aminokislota qoldig'i uchun ph burchagi (nc a atrofida) …

4 / 12

ning tautomeriyasi tufayli peptid bog'i atrofida aylanish qiyin; peptid guruhining atomlari (c=o, nh) bir tekislikda yotadi va bir tomonda bog'langan c a va ikkinchi tomonda n bir tekislikda yotadi, bu w = 180 ° ni bildiradi. quyidagi haqiqiy oqsil tuzilmalari misollarida, agar xohlasangiz, buni o'zingiz tekshirishingiz mumkin. oh u ii i -c—n- m -c=n — i h og-.-c^n-•jh 7.2-rasm. peptidlar guruhining tautomerizmi va planar tuzilishi ko'rinib turibdiki, oqsil molekulasining fazoviy tuzilishini asosiy zanjirning konformatsiyasi sifatida aniqlash mumkin. boshqacha qilib aytganda, polipeptidning barcha mumkin bo'lgan moslashuvchanligi kimyoviy guruhlarning nc a va c a -c' bog'lari atrofida aylanishi bilan ta'minlanadi. bu shuni anglatadiki, polipeptidning konformatsiyasi zanjirdagi barcha aminokislotalar uchun ph va y burilish burchaklarining to'plami sifatida tavsiflanishi mumkin. ushbu fikrning ahamiyatini ta'kidlash uchun yana bir bor takrorlaymiz: oqsilning uchinchi darajali tuzilishi yoki globulaning konformatsiyasi - buralish burchaklarining umumiy yig'indisi sifatida aniqlanishi mumkin ph va uning tarkibidagi barcha aminokislotalar qoldiqlari. polipeptid zanjirining ph …

5 / 12

aniqlanganligini ko'rish uchun ushbu qiymatlarning har birini bosishingiz mumkin. keyin xaritadagi valinning qolgan qismiga mos keladigan nuqta qayerda bo'lishini o'zingiz aniqlashga harakat qiling. uni xaritada ko'rsating. shu tarzda oqsilning barcha aminokislota qoldiqlari uchun ph va y burchaklari aniqlanadi va yuqoridagi kabi xaritalar olinadi. shuni ta'kidlash kerakki, ramachandran xaritasi oqsilning uchinchi darajali tuzilishini aniq belgilamaydi, chunki u aminokislotalarning bog'lanish tartibini ko'rsatmaydi. bu faqat oqsildagi aminokislotalarning ustun konformatsiyasini ko'rish imkonini beradi. amalda ramachandran xaritalari oqsilda ma'lum ikkilamchi va o'ta ikkilamchi tuzilmalar (struktura motivlari) mavjudligini ko'rsatish uchun ishlatiladi; to'g'ridan-to'g'ri aytganda, ramachandran jadvallari muntazam naqshlar deb ataladigan narsalarni aniqlashga imkon beradi . oqsillardagi muntazam tuzilmalar polipeptid zanjirining bo'limlari bo'lib, unda aminokislotalar qoldiqlari o'xshash konformatsiyaga ega (ularning burchaklari ph va y taxminan teng bo'lgan ma'noda; radikallarning konformatsiyasi hisobga olinmaydi). muntazam tuzilmalar ikkilamchi tuzilmalarning bir turidir. muntazam tuzilmalarga a-spiral va 0-varaqlar misol bo'ladi. rasmda soddalashtirilgan a-spiral strukturasi ko'rsatilgan. agar siz uning tarkibidagi qoldiqlarning ph va y …

Ko'proq o'qimoqchimisiz?

Barcha 12 sahifani Telegram orqali bepul yuklab oling.

To'liq faylni yuklab olish

"protein tuzilishini bashorat qilish va o'rganishga zamonaviy yondashuvlar" haqida

vii mavzu. oqillarning tuzilishi va xususiyatlarini silico shartlarda o'rganish. neyral tarmoqlar. 1. protein tuzilishini bashorat qilish va o'rganishga zamonaviy yondashuvlar. kompyuter dasturlari yordamida fazoviy tuzilmani bashorat qilish (silikatda) tuzilishi hali eksperimental ravishda aniqlanmagan oqsillarning modellarini yaratishga imkon beradi. gomologik modellashtirish deb nomlanuvchi tuzilmani bashorat qilishning eng muvaffaqiyatli turi aminokislotalar ketma-ketligi bo'yicha modellashtirilgan oqsilga o'xshash mavjud "shablon" tuzilishiga tayanadi. proteinlarning fazoviy tuzilishini bashorat qilish usullari oqsil genetik muhandisligining rivojlanayotgan sohasida qo'llaniladi, ularning yordami bilan oqsillarning yangi uchinchi darajali tuzilmalari allaqachon olingan. murakkabroq hi...

Bu fayl DOCX formatida 12 sahifadan iborat (300,4 KB). "protein tuzilishini bashorat qilish va o'rganishga zamonaviy yondashuvlar"ni yuklab olish uchun chap tomondagi Telegram tugmasini bosing.

Teglar: protein tuzilishini bashorat qi… DOCX 12 sahifa Bepul yuklash Telegram