biologik ketma-ketliklarni taqqoslash

PPTX 25 стр. 1,3 МБ Бесплатная загрузка

25 стр.

FaylHub.uz

Скачать через Telegram

Размер 1,3 МБ

Тип файла PPTX

Страницы 25

Обновлено Дек 2025

Предварительный просмотр (5 стр.)

Прокрутите вниз 👇

1 / 25

4-mavzu: biologik ketma-ketliklarni taqqoslash lektor: behruz toshbadalov 2-mavzu: biologik ketma-ketliklarni taqqoslash biologik ketma-ketliklarni taqqoslashning ahamiyati. ortolog va paralog genlar biologik ketma-ketliklarni juft va ko‘plik taqqoslash blast algoritmi va uning turlari clustalw algoritmi va ko‘plik taqqoslash genlarni taqqoslash asosida filogenetik yaqinlikni aniqlash ketma-ketliklarni taqqoslash sequence comparison ketma-ketliklarni taqqoslash bioinformatik tadqiqotlarning yuragidir. bu - juda muhim strukturaviy va funksional xususiyatlarga ega, yangi kashf etiladigan ketma-ketliklarni o‘rganishning ilk bosqichi hisoblanadi. ketma-ketliklarni taqqoslash tobora muhim ahamiyat kasb etib bormoqda, chunki, yangi biologik ketma- ketliklar juda tez aniqlandi, bu esa funksional va evolyutsion yaqin bo‘lgan yangi oqsillarni topilishiga sabab bo‘ldi. ketma-ketliklarni taqqoslashning biologik aktualligi ikkita ketma-ketlik bir-biriga qanchalik mos bo‘lsa, ularning vazifalari o‘xshash bo‘lishi va filogenetik jihatdan yaqin bo‘lishi kerak. turlar filogenetik nuqtai nazaridan bir - biridan qanchalik uzoqlashsa: ma’lum bir oqsildagi aminokislotalar ketma-ketligi gendagi nukleotidlar ketma-ketligi mutatsiya sabab shuncha farq qilib boraveradi. afzalligi ikkita ketma-ketlik orasidagi evolyutsion yaqinlikni hisoblash; funksional domenlarni yaxshiroq izlash; irnkning …

2 / 25

loglar - bu umumiy ajdodga ega bo‘lgan ikki xil turdagi ikkita gen. paraloglar - bir xil genomdagi ikkita gen bo‘lib, ular asl genning genlarning ko‘payishi hodisasi mahsulotidir. blast qanday ishlaydi? barcha bioinformatik dasturlar biologiya sohasidagi ma’lumotlar ko‘lami bilan ishlashni osonlashtirish uchun xizmat qiladi. bioinformatik dasturlar online yoki offline rejimida ishlaydi. blast dasturi online rejimda ishlaydigan dasturlardan hisoblanadi. ya’ni bu dasturni ishlatishimiz uchun eng birinchi talab: internetga ulangan bo‘lishimiz kerak. blast o‘zi nima? blast (basic local alignment search tool – asosiy lokal tekislanishni izlash vositasi) bu - kompyuter dasturi bo‘lib, u oqsil yoki nuklein kislotalar gomologlarini mavjud bazadan izlab topishga xizmat qiladi. sodda qilib tushuntirilganda oqsil yoki nuklein kislotalarning ma’lum bir ketma-ketligi bor. lekin bu nuklein kislota qaysi turga tegishli ekanligini bilmaymiz. blast sizga mana shu nukleotidlar ketma-ketligi qaysi turga tegishli ekanligini aniqlashga yordam beradi. albatta, u bazada mavjud bo‘lgan millionlab namunalarga solishtirish asosida kerakli natijani chiqarib beradi. blast dasturi 1990-yilda …

3 / 25

ndala namunalari yig‘ayotganimizda juda kichik qandala namunasi topilgan. uning qaysi tur ekanligini o‘sha vaqtda aniqlash imkoni bo‘lmagan. laboratoriya sharoitida o‘sha qandala namunasining to‘qimasidan dnk ni ajratib olib, ma’lum bir genini pzr mashinasida amplifikatsiya qilinadi. elektroforez jarayoni orqali ushbu gen to‘g‘ri ajratib olinganligi tekshiriladi. natijalar maxsus kompaniyalarga jo‘natiladi (xitoy). ular o‘sha noma’lum hasharot namunasidan olingan gendagi nukleotidlar ketma-ketligini o’qib berishadi. quyida 454 ta nukleotiddan tashkil topgan nukleotidlar turibdi. ana endi uni blast yordamida qaysi turga tegishli ekanligini topib olamiz: tattttgactgtacaaagggagcataatcacttgtc ttttaattgaagtctggaatgaatggttggatga aaaatttactttctttattttatataaaaattaatttc taaatcaaaaagtttagattctattgaagg acgagaagaccctatagaacttyatttttttggagg aaatttatttgtttatatttaaaatttcctt aaaaaataatttgttggggtgacagaaaaaatttaa taactttttttatttatttcatttattatgat tattgatcctttyttagggaaaaaagattaagttac cttagggataacagcgttattattttaaagagt tcttatcgataaaatagtttgcgacctcgatgttgga ttaaaataagttcaggagtaaaaattgaata ctaggtctgttcgacctttaaatttttacatgatctg a blast ga qanday kiriladi? buning uchun kompyuterda internetni yoqib ncbi ga kiramiz. u yerdan blast bo‘limi tanlaymiz. bizga quyidagi oyna ochiladi: biz nukleotidlar ketma-ketligini tekshirmoqchi bo‘lganimiz uchun chap tomonda turgan nucleotide blast tugmasini bosamiz. kompyuter ekranida quyidagi oyna ochiladi: nukleotidlarimiz ketma-ketligini birinchi yuqoridagi qizil ko‘rsatgichda ko‘rsatilgan joyga ko‘chirib olib qo‘yamiz (ctrl+c va ctrl+v). shundan so‘ng ikkinchi ko‘rsatkich ko‘rsatayotgan …

4 / 25

lar sequences – ‘juda ham o‘xshash ketma-ketlik’ degan tugma tanlanganligini ko‘rsatmoqda. bu bizga biz tekshirayotgan nukleotidlar ketma-ketligiga eng yaqin natijani ko‘rsatib berishi uchun kerak. shulardan keyin pastda chap tomonda turgan blast tugmasini bir marotaba bosamiz. dastur bizga ncbi ma’lumotlar bazasidagi barcha nukleotidlar ketma-ketligi bilan bizning namunamizni solishtirib, biznikiga o‘xshash bo‘lgan natijalarni ko‘rsatib beradi. blast bosilganidan so‘ng quyidagi oyna ochiladi: blast natijalari oynaning yuqori qismida blast amalga oshirilgan operatsiya haqida qisqacha ma’lumot va bizning nukleotidlar solishtirilishidan qo‘lga kiritilgan dastlabki 100 ta eng o‘xshash natijalarning diagramma holatidagi tasviri ko‘rsatiladi. agar tekshirilayotgan nukleotidlar ketma-ketligidagi 200 tadan ortiq nukleotidlar o‘zaro o‘xshash chiqsa natijalar qizil rangda tasvirlanadi. yuqoridagi rasmda 1 dan 450 tagacha bo‘lgan moviy tasvir bu bizning nukleotidlar, pastdagilari esa biznikiga mos tushgan natijalarning ko‘rinishi. oynaning pastrog‘iga tushsak, natijalarning barcha ko‘rsatgichlarini ko‘rishimiz mumkin bo‘ladi. clustal dasturi va unda ishlash tartibi. ko‘p miqdordagi ketma – ketliklarni taqqoslash uchun clustal dasturi keng qo‘llaniladi. clustal tipidagi birinchi …

5 / 25

alarni kutish orqali qabul qiladi. pochta tartibida ishlanganda esa natijalar foydalanuvchining elektron manziliga (ketma – ketliklar soni ko‘p miqdorda bo‘lganda) jo‘natiladi. clustal dasturida ishlash uchun birinchi navbatda o‘rganilayotgan aminokislotalar yoki nukleotidlarning ketma – ketliklarini mumkin bo‘lgan mavjud 7 ta serverlarning biridan (nbrf/pir, embl/swiss- prot, pearson/fasta, clustal(*aln), gcg/msf(pileup), gcg9/rsf, gde) olish kerak. bu holatlarda ko‘proq fasta formatidan foydalaniladi. kiritilayotgan ketma–ketliklarning umumiy uzunligi www uchun 40000, e-mail serverlari uchun esa 60000 dan ortmasligi talab etiladi. juftlik taqqoslanishlarida o‘rganilayotgan ketma– ketliklarning barcha juftliklari taqqoslanadi. bundan tashqari clustal dasturi taqqoslanayotgan ketma – ketliklarning filogenetik munosabatlarini ko‘rsatuvchi dendrogrammalarni tuzish uchun ham qo‘llaniladi. image1.jpg image2.png image3.png image4.jpg image5.jpg image6.png image7.jpg image8.png

Хотите читать дальше?

Скачайте все 25 страниц бесплатно через Telegram.

Скачать полный файл

О "biologik ketma-ketliklarni taqqoslash"

4-mavzu: biologik ketma-ketliklarni taqqoslash lektor: behruz toshbadalov 2-mavzu: biologik ketma-ketliklarni taqqoslash biologik ketma-ketliklarni taqqoslashning ahamiyati. ortolog va paralog genlar biologik ketma-ketliklarni juft va ko‘plik taqqoslash blast algoritmi va uning turlari clustalw algoritmi va ko‘plik taqqoslash genlarni taqqoslash asosida filogenetik yaqinlikni aniqlash ketma-ketliklarni taqqoslash sequence comparison ketma-ketliklarni taqqoslash bioinformatik tadqiqotlarning yuragidir. bu - juda muhim strukturaviy va funksional xususiyatlarga ega, yangi kashf etiladigan ketma-ketliklarni o‘rganishning ilk bosqichi hisoblanadi. ketma-ketliklarni taqqoslash tobora muhim ahamiyat kasb etib bormoqda, chunki, yangi biologik ketma- ketliklar juda tez aniqlandi, bu esa funksional ...

Этот файл содержит 25 стр. в формате PPTX (1,3 МБ). Чтобы скачать "biologik ketma-ketliklarni taqqoslash", нажмите кнопку Telegram слева.

Теги: biologik ketma-ketliklarni taqq… PPTX 25 стр. Бесплатная загрузка Telegram