genom evolyutsiyasi

DOCX 11 sahifa 32,7 KB Bepul yuklash

11 sahifa

FaylHub.uz

Telegram orqali yuklab olish

Hajm 32,7 KB

Fayl turi DOCX

Sahifalar 11

Yangilangan Dek 2025

Sahifa ko'rinishi (5 sahifa)

Pastga aylantiring 👇

1 / 11

4-mavzu. eukariot organizmlarning gen strukturalarini bashorat qilsh. genom evolyutsiyasi. reja: 1. empirik usul. empirik bo‘lmagan usullar. 2. neyron tarmoqlari. 3. genlarning ekzon-intron strukturalarini bashorat qilish 4. psevdogenlari bashorat qilish 5. prokariot genom evolyutsiyasi 6. eukariot genomning evolyutsiyasi 7. mobil genetik elementlar 8. genetik materialni gorizontal o‘tkazishning roli tayanch iboralar: glimmer, genscan, snap, genscan, nmm, hmm, svm, contrast, mgene. gen strukturalarini bashorat qilish genomdagi dnkning kodlanadigan va boshqaruvchi dnk ketma-ketliklarini aniqlash hisoblanadi: oqsillar genlari va rnk ni kodlamaydigan genlar, promotorlar va enxanserlar hisoblanadi. genlarni aniqlashning dastlabki usullari tirik organizmlar va hujayralar bilan murakkab tajribalarga asoslangan bo‘lib, bu faqat tahminiy natijalar berardi. ma’lum genlar orasidagi krossingover chastotasini statistik tahlil qilish xromasomadaularning bir- biriga nisbatan qanday joylashganligini aniqlashga va oxiroqibat genetik harita tuzishga imkon berdi. bugungi kunda kompyuter texnologiyalari va to‘liq genomni boshqarish usullarining rivojlanishi tufayli genlarni bashorat qilish bioinformatikada muntazam vazifaga aylandi. empirik usul. empirik yondashuv eng universal hisoblanadi. ma’lumotlar bazalarida juda …

2 / 11

i gen lokusining mavjudligini aniqlashda foydali, lekin har doim ham genning aniq tuzilishi haqida ma’lumot bermaydi. rnk transkriptlari genlarning tuzilishini to‘g‘ri tahmin qilish uchun juda aniq ma’lumot beradi, ammo bu ma’lumotlar juda kam va ko‘pincha to‘liq bo‘lmaydi. bundan tashqari, transkriptlar barcha genlar uchun ma’lum emas. ba’zan ular i rnk to‘liq yetilmasligi tufayli tarkibida intronlarga ega bo‘lishi mumkin. tashqi ga bo‘ladi: transkriptlar taxrirlanishi splaysingni o‘z ichiga olishi kerak oqsil molekulalari esa nukleotid ketma-ketliklarining translyatsiyasining natijalari bilan taqqoslanishi zarur. empirik bo‘lmagan usullar. noempirik yondashuv gen strukturasini genlarni aniqlash uchun shablon sifatida ishlatiladi, bu ham ab initio prognozi deb ataladi. bu usul ko‘proq vaqt talab qiladi, chunki u statistik modellarni yaratishni talab qiladi. ab initio gen bashoratining lari axborot ikki turdagi asoslangan: signal datchiklari va content datchiklari (bu yerda bir datchik xususiyatlar majmuini anglatadi). signal datchigi qisqa ketma-ketliklar motiviga qarashli bo‘lib, shoxlanish, polipirimidin, traktlari va splaysing, strat, stop kodon joylariini o‘z ichiga oladi. …

3 / 11

vojlanayotgan turlar uchun ma’lumotlarni tezda bashorat qilish imkonini beradi. prokariotlarda genlar o‘ziga xos va yaxshi o‘rganilgan consensus elementlari -35 va -10 (pribnov-bokslarida) larni o‘z ichiga oladi, ularni aniqlash oson, shuningdek transkriptsiya omillari uchun bog‘lovchi saytlarga egadir. bundan tashqari, oqsil kodlovchi genlar uzunligi yuzlab, bir necha ming juftlari ketma-ketligidan, stop kodoni bilan tugaydigan bitta uzluksiz o‘qish ramkasidan iborat. tasodifiy ketmaketliklarda stop kodonlar ancha keng tarqalgan (64 kodondan 3 tasi stop kodonlardir, ya’ni o‘rtacha 1 ta 20-25 kodonga stop kodon yoki 60-75 nukleotidga nisbatan uchraydi), shuning uchun uzoq o‘qish ramkalarining mavjudligi – gen xususiyatlarini bildiradi. oqsilni kodlash dnkning boshqa statistik parametrlari ham ushbu uzunlikdagi ketmaketliklarda osongina ko‘rinadi. natijada prokariot genlarni bashorat qilish tizimlari juda sodda va yuqori aniqlikka ega. eukariotlarda oqsilkodlovchi dnk ketma-ketliklari (ekzonlar) bo‘linganligi vakodlanmaydigan hududlar (intronlar) bilan uziladi. splaysing saytlari genni aniqlash uchun yana bir signal hisoblanadi. odatda, bir inson oqsil-kodlaydigan odatiy geni o‘nlab ekzonlarga bo‘linadi, 100-200 nukleotidlar lardan iborat …

4 / 11

$an va bu tizim genomlarda ishlash va genlarning universal qidiruvchisini yaratishga harakat qilingan. boshqa dasturlarda masalan, msplicer, contrast, yoki mgene larda mashinada o‘qitish tizimi ishlatiladi va tayanch vektorlardan foydalaniladi. ular hmm, svm, yoki tasodifiy markov maydonlarini (ingliz tilidan sonditional random field, crf) ni qo‘llangan tarzda, gen mavjudligining extimolligini aniqlash maqsadida bir biridan farqlanuvchi model ishlab chiqishadi. boshqa signallar. genlarni bashorat qilish, biz k-o‘lchov statistikasidan, gc-tarkibi, dnk teng taqsimlanganligi, dnk entropiya qismlari, o‘qish ramkalarining uzunligi, ribosomani, promotorlarni, ekzon-intron, va splaysingni bog‘lovchi saytlar to‘plamlari, fractal xajmi, sonlar bilan kodlangan dnk ning fure uzgarishlari, z-egri chizig‘idan foydalaniladi. bashorat sifatini faqatgina detector signallaridan foydalanib emas, balkim rnkning ikkilamchi strukturasi splaysing saytlarini aniqlashda va boshqa boshqaruvchi xususityalarni xam qo‘llab oshirish mumkin. neyron tarmoqlari. bunday tarmoqlarga misol qilib, keltirilgan dnk ketma-ketligida splaysing saytlarining o‘rnini aniqlaydigan neyron tarmoqlari kiradi. bunday tarmoqlarda uchuvchi (skolzyashiy) oyna uslubi qo‘llaniladi, bunda umuiy ketma-ketliklardan kesishadigan ketma-ketliklar (oynalar) tanlab olinadi. har bir oynadan …$

5 / 11

yoki birlashtirish uchun ishlatilishi mumkin. maker va maker – ii mavjud hisoblash resurslariga ko‘ra har qanday kattalik va miqyosdagi genomlarni tez izohlay oladi. aker va maker-p genomlardagi qaytariladigan elementlarga izox beradi va splaysing saytlarini aniq identifikatsiya qilish maqsadida rnk ning splaysing jarayonini xisobga olgan hoda, oqsil ma’lumotlari bilan solishtiradi. ab initio da genlarni bashorat qilishning bir tqancha bashoratchilarini ishga tushiradi, oqsillar va rnk taxririga ko‘ra, bashorat qilitngan gen modellarini solishtiradi, ab initi da gen modellarini olingan natijalar bilan taqqoslanadi. eng to‘g‘ri gen modellari sifatiy ko‘rsatkichlargsha ko‘ra tanlab olinadi, va u annotatsiyani tahrirlashning masofasi deb ataladi (angl. annotation edition distance, aed). maker va maker-p xabar interfeysi (mpi) uchun qo‘llabquvvatlash bilan juda parallel dasturlar bo‘lib, ular bir necha protsessorlardan samarali foydalanishga va sut emizuvchilar va o‘simliklarning katta genomlarini bir necha soat ichida izohlashga imkon beradi. maker model organizmlarlar genom uchun annotatsiya konveyeri sifatida qulay foydalanish uchun ishlab chiqilgan. maker bioinformatika soxasida yoki …

Ko'proq o'qimoqchimisiz?

Barcha 11 sahifani Telegram orqali bepul yuklab oling.

To'liq faylni yuklab olish

"genom evolyutsiyasi" haqida

4-mavzu. eukariot organizmlarning gen strukturalarini bashorat qilsh. genom evolyutsiyasi. reja: 1. empirik usul. empirik bo‘lmagan usullar. 2. neyron tarmoqlari. 3. genlarning ekzon-intron strukturalarini bashorat qilish 4. psevdogenlari bashorat qilish 5. prokariot genom evolyutsiyasi 6. eukariot genomning evolyutsiyasi 7. mobil genetik elementlar 8. genetik materialni gorizontal o‘tkazishning roli tayanch iboralar: glimmer, genscan, snap, genscan, nmm, hmm, svm, contrast, mgene. gen strukturalarini bashorat qilish genomdagi dnkning kodlanadigan va boshqaruvchi dnk ketma-ketliklarini aniqlash hisoblanadi: oqsillar genlari va rnk ni kodlamaydigan genlar, promotorlar va enxanserlar hisoblanadi. genlarni aniqlashning dastlabki usullari tirik organizmlar va hujayralar bilan murakkab tajribal...

Bu fayl DOCX formatida 11 sahifadan iborat (32,7 KB). "genom evolyutsiyasi"ni yuklab olish uchun chap tomondagi Telegram tugmasini bosing.

Teglar: genom evolyutsiyasi DOCX 11 sahifa Bepul yuklash Telegram