orf finder dasturi

PPTX 14 sahifa 805,2 KB Bepul yuklash

14 sahifa

FaylHub.uz

Telegram orqali yuklab olish

Hajm 805,2 KB

Fayl turi PPTX

Sahifalar 14

Yangilangan Dek 2025

Sahifa ko'rinishi (5 sahifa)

Pastga aylantiring 👇

1 / 14

mavzu: orf finder dasturi mavzu: orf finder dasturi reja: kirish. i bob. adabiyotlar sharxi. ii bob. asosiy qism. 2.1. ochiq o'qish ramkalari va kodlash ketma-ketligi (cds). 2.2. noma'lum gen tomonidan kodlangan oqsilning faolligini batafsilroq o'rganish. 2.3. eksperimental tahlil orqali gen funktsiyasini belgilash. 2.4. individual genlarning funksiyalarini aniqlash. iii bob. xulosa. foydalanilgan adabiyotlar. orf bu dnk ketma-ketligi bo'lib, u "atg" boshlang'ich kodonidan boshlanadi (har doim ham emas) va uchta tugatish kodonlarining har biri (taa, tag, tga) bilan tugaydi. boshlanish nuqtasiga qarab, genetik kodga muvofiq har qanday nukleotidlar ketma-ketligini aminokislotalar ketma-ketligiga o'tkazishning oltita mumkin bo'lgan (uchtasi oldinga siljishda va uchtasi to'ldiruvchi ipda) mavjud. ular o'qish ramkalari deb ataladi. kodlash ketma-ketligi (cds) oqsillarni hosil qilish uchun tarjima qilingan dnkning haqiqiy hududidir. orf tarkibida intronlar ham bo'lishi mumkin bo'lsa-da, cds kodonlarga bo'linishi mumkin bo'lgan nukleotidlarga (birlashtirilgan ekzonlarga) tegishli bo'lib, ular ribosomalarni tarjima qilish mexanizmi tomonidan aminokislotalarga aylanadi. prokariotlarda orf va cds bir xil. oqsillarni …

2 / 14

(eukariotlarda) tarjima qilishda faqat bitta o'qish ramkasi ishlatiladi va bu ko'pincha eng uzun ochiq o'qish ramkasi hisoblanadi. ochiq o'qish ramkasi ma'lum bo'lgach, dnk ketma-ketligi tegishli aminokislotalar ketma-ketligiga aylantirilishi mumkin. ochiq o'qish ramkasi ko'pgina turlarda atg (met) bilan boshlanadi va to'xtash kodoni bilan tugaydi ( taa , teg yoki tga ). misol uchun, dnkning quyidagi ketma-ketligini oltita o'qish ramkasida o'qish mumkin. uchta oldinga va uchtasi teskari yo'nalishda. oldinga yo'nalishdagi uchta o'qish ramkasi har bir dnk ketma-ketligi ostida tarjima qilingan aminokislotalar bilan ko'rsatilgan. 1-kadr " a ", 2-kadr " t " va 3-kadr " g " bilan boshlanadi. to'xtash kodonlari oqsillar ketma-ketligida " * " bilan ko'rsatilgan. eng uzun orf 1-freymda. i-bob. adabiyotlar sharxi. molekulyar filogenetik usullar gomologik sekanslarning evolyutsion tarixidan xulosa chiqaradi. molekulyar filogenetikaning texnikasi individual oqsillar ketma-ketligini tahlil qilishda ishlab chiqilgan (neyman 1971, kashyap va subas 1974), ammo zamonaviy sekvensiya ma'lumotlarining ko'pligi tufayli daraxtlarni bir nechta lokuslardan birgalikda tahlil qilish …

3 / 14

kin (jeffroy va boshq. 2006). bu erda asosiy savol - mos kelmaslik namuna olish xatosidan kelib chiqadimi yoki bu aniq genomik lokuslar evolyutsiyasidagi haqiqiy farqni ko'rsatadimi. agar biz bir nechta lokuslardan bitta sarhisob daraxtini quradigan bo'lsak, unda biz avvalgisini taxmin qilamiz: har bir lokus bir xil asosiy daraxtning shovqinli bahosi. mos kelmaslik bilan bog'liq ko'plab usullar uning biologik asoslari to'g'risida aniq taxminlarni keltirib chiqaradi. bunday "mexanistik" yondashuvlar hgt (hallett va lagergren 2001; dessimoz va boshq. 2008; abbi va boshq. 2010), ils (rannala va yang 2003; heled va drummond 2010), rekombinatsiya (kosakovskiy pond va boshq.) ni ishlab chiqish uchun ishlab chiqilgan. 2006), genlarning takrorlanishi (gd) (chen va boshq. 2000; boussau va boshq. 2013) va kombinatsiyalangan ils / gd modellari (bansal va boshq. 2010; doyon va boshq. 2010; szollsi va daubin 2012). ). shu bilan birga, mexanik yondashuvlar hisoblashda taqiqlashi mumkin va boshqa nomuvofiqlik manbalariga nisbatan mustahkam bo'lmasligi mumkin. biz diqqatimizni "jarayon-agnostik" …

4 / 14

ing retrotranspozitsiyasidan kelib chiqadi. ota-onadan mahrum bo'lganligi sababli cis-tartibga soluvchi elementlar, qayta ishlangan psevdogenlar dastlab transkripsiyaviy jim bo'lgan deb taxmin qilingan va ular genom bo'ylab funktsional ekranlardan va ko'pgina transkriptom tahlillaridan chiqarib tashlangan. saraton va oddiy inson to'qimalarining yuqori o'tkazuvchanlikdagi qisqa o'qish ketma-ketligi bo'yicha transkriptomik tadqiqotlari psevdogen transkripsiyasi keng tarqalgan bo'lishi mumkinligini ko'rsatadi. biroq, psevdogen transkripsiyasini o'rganishga psevdogenlarni juda o'xshash ota-ona genlaridan ajratish uchun qisqa muddatli ketma-ketlik va mikroarray gibridizatsiyasining cheklangan imkoniyatlari to'sqinlik qiladi. bugungi kunga qadar topilgan to'liq uzunlikdagi psevdogen transkriptlarining aksariyati to'liq uzunlikdagi cdnk kutubxonalarining nisbatan past o'tkazuvchanligi kapillyar ketma-ketligi bilan aniqlangan. natijada, ko'pgina fazoviy-zamon kontekstlarida inson psevdogen transkriptomining darajasi asosan hal qilinmagan. psevdogen transkriptlari raqobatbardosh endogen rnklar (cernk), antisens transkriptlar, kichik interferent rnklar uchun prekursorlar (sirnklar) va piwi bilan o'zaro ta'sir qiluvchi rnklar sifatida harakat qilib, o'zlarining ota-onalari genlarining ekspressiyasini boshqarishi mumkin. (pirnklar). aksariyat psevdogenlar kodlanmagan mexanizmlar bilan harakat qiladi deb taxmin qilinsa-da, ba'zilari to'liq uzunlikdagi yoki …

5 / 14

hun har bir orf protein degani emas. orf protein kodlovchi genning haqiqiy boshlang'ich kodoni va keyingi to'xtash kodon o'rtasida topiladi. bu stop-kodon intronda bo'lishi mumkin, bu holda orf ekson va intronning bir qismini o'z ichiga oladi. intronlar asosan tasodifiy ketma-ketlik bo'lganligi sababli, to'xtash kodoni tasodifan paydo bo'lishi mumkin. agar intron tasodifan to'xtash "kodon" ni o'z ichiga olmasa (ya'ni ekson bilan bir xil o'qish ramkasida 3 ta nukleotid taa/tag/tga) bo'lsa, orf keyingi intronda tasodifiy ravishda to'xtash kodoniga duch kelguncha davom etadi, aks holda genning oxirida haqiqiy to'xtash. agar to'xtamasdan intron bo'lsa emas 3 nukleotidning ko'pligi, keyin u ramka siljishini kiritadi va keyingi to'xtash keyingi ekson ichida osongina sodir bo'lishi mumkin. agar u 3 ga karrali bo'lsa, u intron va ekzon orqali davom etayotganda orfga soxta aminokislotalarni kiritadi. gen izohida bunday xatolar kam uchraydi, chunki intronni aniqlash murakkab va agar u "o'qisa" cdnk ketma-ketligi genom ketma-ketligi bilan taqqoslanmaguncha intronga izoh berilmasligi mumkin. …

Ko'proq o'qimoqchimisiz?

Barcha 14 sahifani Telegram orqali bepul yuklab oling.

To'liq faylni yuklab olish

"orf finder dasturi" haqida

mavzu: orf finder dasturi mavzu: orf finder dasturi reja: kirish. i bob. adabiyotlar sharxi. ii bob. asosiy qism. 2.1. ochiq o'qish ramkalari va kodlash ketma-ketligi (cds). 2.2. noma'lum gen tomonidan kodlangan oqsilning faolligini batafsilroq o'rganish. 2.3. eksperimental tahlil orqali gen funktsiyasini belgilash. 2.4. individual genlarning funksiyalarini aniqlash. iii bob. xulosa. foydalanilgan adabiyotlar. orf bu dnk ketma-ketligi bo'lib, u "atg" boshlang'ich kodonidan boshlanadi (har doim ham emas) va uchta tugatish kodonlarining har biri (taa, tag, tga) bilan tugaydi. boshlanish nuqtasiga qarab, genetik kodga muvofiq har qanday nukleotidlar ketma-ketligini aminokislotalar ketma-ketligiga o'tkazishning oltita mumkin bo'lgan (uchtasi oldinga siljishda va uchtasi to'ldiruvchi ipda) mavj...

Bu fayl PPTX formatida 14 sahifadan iborat (805,2 KB). "orf finder dasturi"ni yuklab olish uchun chap tomondagi Telegram tugmasini bosing.

Teglar: orf finder dasturi PPTX 14 sahifa Bepul yuklash Telegram